Голландська Малакка (1641–1825) була найдовшим періодом, коли Малакка перебувала під іноземним контролем.Голландці правили майже 183 роки з періодичною британською окупацією під час наполеонівських війн (1795–1815).У цю епоху запанував відносний мир із невеликими серйозними перервами з боку малайських султанатів завдяки домовленості між голландцями та султанатом Джохор у 1606 році. Цей час також ознаменував зниження значення Малакки.Голландці віддавали перевагу Батавії (нинішня Джакарта) як своєму економічному та адміністративному центру в регіоні, і їх утримання в Малакці мало запобігти втраті міста іншими європейськими державами та, згодом, конкуренції, яка прийде з цим.Таким чином, у 17 столітті, коли Малакка перестала бути важливим портом, султанат Джохор став домінуючою місцевою владою в регіоні завдяки відкриттю своїх портів і союзу з голландцями.