Останній султан Малаккської династії, султан Махмуд Шах II, був відомий своєю хаотичною поведінкою, яка здебільшого не контролювалася після смерті Бендехари Хабіба та подальшого призначення Бендахари Абдул Джаліля.Ця поведінка завершилася тим, що султан наказав стратити вагітну дружину вельможі за незначне порушення.У відплату султан був убитий ображеною знаттю, залишивши трон вакантним у 1699 році. Оранґ Кая, радники султана, звернулися до Са Акара Діраджі, раджі Теменґґонга з Муару, який запропонував, щоб Бендахара Абдул Джаліль успадкував трон.Однак правонаступництво було зустрінуте з певним невдоволенням, особливо з боку Оранг Лаут.У цей період нестабільності дві домінуючі групи в Джохорі — бугі та мінангкабау — побачили можливість отримати владу.Мінангкабау представив Раджу Кесіла, принца, який стверджував, що є посмертним сином султана Махмуда II.Обіцявши багатство та владу, Бугі спочатку підтримували Раджу Кесіла.Однак Раджа Кесіл зрадив їх і коронував себе султаном Джохору без їхньої згоди, що змусило попереднього султана Абдула Джаліля IV втекти і зрештою бути вбитим.У відплату Бугі об'єдналися з Раджою Сулейманом, сином султана Абдула Джаліла IV, що призвело до повалення Раджі Кесіла в 1722 році. У той час як Раджа Сулейман зійшов на посаду Султана, він потрапив під сильний вплив Бугі, які, по суті, керували Джохором.Під час правління султана Сулеймана Бадрул Алам Шаха в середині XVIII століття Бугі здійснювали значний контроль над адміністрацією Джохора.Їхній вплив зріс настільки значним, що до 1760 року різні родини Бугіс одружилися з королівським родоводом Джохора, ще більше зміцнюючи своє панування.Під їх керівництвом Джохор пережив економічне зростання, підкріплене інтеграцією китайських торговців.Однак наприкінці 18 століття Енгкау Муда з фракції Теменґґонґ почав повертати собі владу, заклавши основу для майбутнього процвітання султанату під керівництвом Теменґґонґ Абдул Рахмана та його нащадків.