Греки протрималися на Пелопоннесі до 1460 року, а венеціанці та генуезці трималися деяких островів, але на початку 16 століття вся материкова Греція та більшість островів Егейського моря були колонізовані Османською імперією , за винятком кількох портових міст, які все ще залишаються. утримувалися венеціанцями (Нафпліон, Монемвасія, Парга і Метона, найважливіші з них).Кікладські острови в центрі Егейського моря були офіційно анексовані османами в 1579 році, хоча вони перебували під васальним статусом з 1530-х років.Кіпр упав у 1571 році, а венеціанці утримували Крит до 1669 року. Іонічні острови ніколи не були під владою Османів, за винятком Кефалонії (з 1479 по 1481 рік і з 1485 по 1500 рік), і залишалися під владою Венеціанської республіки. .Саме на Іонічних островах зародилася сучасна грецька державність зі створенням Республіки Семи Островів у 1800 році.Османська Греція була багатоетнічним суспільством.Однак сучасне західне поняття мультикультуралізму, хоча на перший погляд і здається таким, що відповідає системі мілілетів, вважається несумісним з османською системою.Греки, з одного боку, отримали деякі привілеї та свободи;з іншого боку вони піддавалися тиранії, яка випливала з неправомірних дій адміністративного персоналу, над яким центральний уряд мав лише віддалений і неповний контроль.Коли прийшли османи, відбулося дві міграції греків.Перша міграція спричинила міграцію грецької інтелігенції до Західної Європи та вплинула на настання епохи Відродження.Під час другої міграції греки залишили рівнини грецького півострова й переселилися в гори.Система проса сприяла етнічній згуртованості православних греків, розділяючи різні народи в Османській імперії на основі релігії.Греки, які жили на рівнинах під час османського панування, були або християнами, які несли тягар іноземного панування, або криптохристиянами (грецькими мусульманами, які таємно сповідували грецьку православну віру).Деякі греки стали криптохристиянами, щоб уникнути великих податків і водночас висловити свою ідентичність, зберігаючи зв’язки з грецькою православною церквою.Однак греки, які прийняли іслам і не були криптохристиянами, вважалися «турками» (мусульманами) в очах православних греків, навіть якщо вони не прийняли турецьку мову.Османи правили більшою частиною Греції до початку 19 століття.Перша з часів Середньовіччя еллінська держава була заснована під час Французької революційної війни в 1800 році, за 21 рік до початку Грецької революції в материковій Греції.Це була Септинсулярна республіка зі столицею Корфу.