Французьку експедицію до Єгипту , нібито для підтримки Османської Порти та придушеннямамлюків , очолив Наполеон Бонапарт.Проголошення Бонапарта в Александрії наголошувало на рівності, заслугах і повазі до ісламу, контрастуючи з уявною відсутністю цих якостей у мамлюків.Він пообіцяв усім єгиптянам відкритий доступ до адміністративних посад і запропонував повалити папську владу, щоб продемонструвати прихильність Франції до ісламу.^[102]Однак єгиптяни скептично поставилися до намірів Франції.Після перемоги Франції в битві при Ембабе (Битва біля пірамід), де війська Мурад-бея та Ібрагім-бея зазнали поразки, у Каїрі була сформована муніципальна рада, до складу якої входили шейхи, мамлюки та французькі члени, головним чином служачи для виконання французьких указів.^[102]Непереможність Франції була поставлена ​​під сумнів після поразки їхнього флоту в битві на Нілі та невдачі у Верхньому Єгипті.Напруженість посилилася із запровадженням податку на будинки, що призвело до повстання в Каїрі в жовтні 1798 р. Французький генерал Дюпюї був убитий, але Бонапарт і генерал Клебер швидко придушили повстання.Використання французами мечеті Аль-Азхар як стайні викликало глибоку образу.^[102]Сирійська експедиція Бонапарта в 1799 році тимчасово послабила контроль Франції в Єгипті.Після повернення він розбив спільну атаку Мурад-бея та Ібрагім-бея, а пізніше розгромив турецьку армію під Абукіром.Після цього Бонапарт залишив Єгипет, призначивши Клебера своїм наступником.^[102] Клебер опинився в небезпечній ситуації.Після того, як початкові домовленості щодо евакуації Франції були заблоковані британцями, у Каїрі почалися заворушення, які Клебер придушив.Він вів переговори з Мурад-беєм, надавши йому контроль над Верхнім Єгиптом, але Клебера було вбито в червні 1800 року ^{[102 .]}Генерал Жак-Франсуа Мену змінив Клебера, намагаючись завоювати прихильність мусульман, але відчужуючи єгиптян, оголосивши протекторат Франції.У 1801 році англійські та турецькі війська висадилися в Абу-Кір, що призвело до поразки французів.Генерал Бельяр здав Каїр у травні, а Мену капітулював в Александрії в серпні, поклавши край французькій окупації.^[102] Тривкою спадщиною французької окупації став «Опис Єгипту», детальне дослідження Єгипту французькими вченими, яке внесло значний внесок у галузь єгиптології.^[102]