Іспанці розділили Каліфорнію на дві частини, Нижню Каліфорнію та Альта Каліфорнію, як провінції Нової Іспанії (Мексика).Баха або нижня Каліфорнія складалася з півострова Баха і закінчувалася приблизно в Сан-Дієго, Каліфорнія, де починалася Альта-Каліфорнія.Східні та північні кордони Альта-Каліфорнії були дуже невизначеними, оскільки іспанці, незважаючи на відсутність фізичної присутності та поселень, заволоділи фактично всім, що зараз є західними Сполученими Штатами.Перша постійна місія в Нижній Каліфорнії, Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó, була заснована 15 жовтня 1697 р. священиком-єзуїтом Хуаном Марією Сальватерра (1648–1717) у супроводі екіпажу невеликого човна та шести солдатів.Після заснування місій у Альта-Каліфорнія після 1769 року іспанці розглядали Нижню Каліфорнію та Альта-Каліфорнію, відому як Лас-Каліфорнія, як єдину адміністративну одиницю зі столицею в Монтереї та підпадали під юрисдикцію віце-королівства Нової Іспанії, що базується в Мексиці. Місто.Майже всі місії в Нижній Каліфорнії були засновані членами ордену єзуїтів за підтримки кількох солдатів.Після суперечки за владу між іспанським королем Карлом III та єзуїтами єзуїтські коледжі були закриті, а єзуїтів вислано з Мексики та Південної Америки в 1767 році та депортовано назад до Іспанії.Після насильницького вигнання ордену єзуїтів більшість місій перейняли францисканці, а згодом домініканці.Обидві ці групи перебували під більш прямим контролем іспанської монархії.Ця реорганізація залишила багато місій у Мексиці Сонора та Нижній Каліфорнії.Занепокоєння з приводу вторгнень британських і російських купців у колонії Іспанії в Каліфорнії спонукало до розширення францисканських місій до Альта Каліфорнії, а також президіумів.