Коли Гістіей почув про падіння Мілета, він, здається, призначив себе лідером опору проти Персії .Вирушивши з Візантії зі своїм військом лесбіянок, він відплив на Хіос.Кіанці відмовилися прийняти його, тому він напав і знищив залишки кіанського флоту.Понівечені двома поразками на морі, кіанці мовчазно піддалися лідерству Гістіея.Тепер Гістіей зібрав велике військо іонійців та еолійців і пішов обложити Тасос.Однак потім він отримав звістку про те, що перський флот вирушає з Мілета, щоб атакувати решту Іонії, тому він швидко повернувся на Лесбос.Щоб прогодувати свою армію, він очолив фуражні експедиції на материк біля Атарнея та Міуса.Велике перське військо під керівництвом Гарпага перебувало в цьому районі та зрештою перехопило одну фуражну експедицію поблизу Малене.Наступна битва була важкою, але її завершив успішний напад перської кінноти, який розгромив грецьку лінію.Сам Гістіей здався персам, думаючи, що зможе вмовити себе на прощення у Дарія.Однак натомість його доставили до Артаферна, який, усвідомлюючи минулу зраду Гістіея, посадив його на палю, а потім відправив його забальзамовану голову Дарію.Перський флот і армія зимували в Мілеті, перш ніж вирушити в 493 році до н.е., щоб остаточно загасити останні вуглинки повстання.Вони напали на острови Хіос, Лесбос і Тенедос і захопили їх.На кожному вони створили «людську сітку» з військ і прокотилися через увесь острів, щоб вигнати повстанців, які переховувалися.Потім вони перейшли на материк і захопили кожне з решти міст Іонії, так само шукаючи будь-яких повстанців, що залишилися.Хоча міста Іонії, безсумнівно, постраждали в результаті, жодне, здається, не зазнало такої долі, як Мілет.Геродот розповідає, що перси вибирали з кожного міста найкрасивіших хлопців і кастрували їх, а дівчат вибирали найкрасивіших і відправляли їх до царського гарему, а потім спалювали храми міст.Хоча це, можливо, правда, Геродот також, ймовірно, перебільшує масштаби спустошення. За кілька років міста більш-менш повернулися до нормального стану, і вони змогли спорядити великий флот для другого перського вторгнення до Греції, лише 13 років. років потому.Потім перська армія знову завоювала поселення на азіатському боці Пропонтиди, тоді як перський флот піднявся до європейського узбережжя Геллеспонту, захоплюючи по черзі кожне поселення.Коли вся Мала Азія тепер твердо повернулася під владу Персії, повстання нарешті закінчилося.