Адміністрація Кеннеді продовжувала шукати шляхи усунення Кастро після вторгнення в затоку Свиней, експериментуючи з різними способами таємного сприяння поваленню кубинського уряду.Значні надії покладалися на програму терористичних атак та інших операцій дестабілізації, відому як операція «Мангуст», розроблену під керівництвом Кеннеді в 1961 році. Хрущов дізнався про проект у лютому 1962 року, і у відповідь на це була розпочата підготовка до розміщення радянських ядерних ракет на Кубі.Стривожений Кеннеді розглядав різні реакції.Зрештою він відповів на встановлення ядерних ракет на Кубі морською блокадою та висунув Радянському Союзу ультиматум.Хрущов відмовився від конфронтації, і Радянський Союз зняв ракети в обмін на публічну американську обіцянку більше не вторгатися на Кубу, а також на таємну угоду про виведення американських ракет з Туреччини.Пізніше Кастро визнав, що «я б погодився на використання ядерної зброї... ми вважали само собою зрозумілим, що це все одно стане ядерною війною, і що ми зникнемо».Кубинська ракетна криза (жовтень–листопад 1962 р.) наблизила світ до ядерної війни ближче, ніж будь-коли раніше.Наслідки кризи призвели до перших зусиль у гонці ядерних озброєнь щодо ядерного роззброєння та покращення відносин, хоча перша угода холодної війни про контроль над озброєннями, Договір про Антарктику, набула чинності в 1961 році.У 1964 році кремлівські соратники Хрущова зуміли його вигнати, але дозволили йому спокійно піти у відставку.Звинувачений у грубості та некомпетентності Джон Льюїс Геддіс стверджує, що Хрущову також приписували знищення радянського сільського господарства, поставивши світ на межу ядерної війни, і що Хрущов став «міжнародним збентеженням», коли він дозволив будівництво Берлінської стіни.