Ang Thai Rak Thai Party ni Thaksin ay naluklok sa kapangyarihan sa pamamagitan ng pangkalahatang halalan noong 2001, kung saan nanalo ito ng halos mayorya sa Kapulungan ng mga Kinatawan.Bilang punong ministro, inilunsad ni Thaksin ang isang plataporma ng mga patakaran, na sikat na tinatawag na "Thaksinomics", na nakatuon sa pagtataguyod ng domestic consumption at pagbibigay ng kapital lalo na sa mga rural na populasyon.Sa pamamagitan ng pagtupad sa mga pangako sa elektoral, kabilang ang mga populistang patakaran tulad ng proyektong One Tambon One Product at ang 30-baht universal healthcare scheme, ang kanyang gobyerno ay nagtamasa ng mataas na pag-apruba, lalo na nang ang ekonomiya ay nakabawi mula sa mga epekto ng 1997 Asian financial crisis.Si Thaksin ang naging unang demokratikong inihalal na punong ministro na nakakumpleto ng apat na taong termino sa panunungkulan, at ang Thai Rak Thai ay nanalo ng napakalaking tagumpay sa pangkalahatang halalan noong 2005.^[77]Gayunpaman, ang pamamahala ni Thaksin ay minarkahan din ng kontrobersya.Gumamit siya ng awtoritaryan na "estilo ng CEO" sa pamamahala, pagsentralisa ng kapangyarihan at pagtaas ng interbensyon sa mga operasyon ng burukrasya.Habang ang 1997 constitution ay naglaan para sa higit na katatagan ng pamahalaan, ginamit din ni Thaksin ang kanyang impluwensya upang neutralisahin ang mga independiyenteng katawan na idinisenyo upang magsilbing checks and balances laban sa gobyerno.Nagbanta siya sa mga kritiko at minamanipula ang media upang magdala lamang ng positibong komentaryo.Ang mga karapatang pantao sa pangkalahatan ay lumala, na may "digmaan laban sa droga" na nagresulta sa mahigit 2,000 extrajudicial killings.Tumugon si Thaksin sa insurhensya sa Timog Thailand na may mataas na komprontasyon na diskarte, na nagresulta sa markadong pagtaas ng karahasan.^[78]Ang pagsalungat ng publiko sa gobyerno ni Thaksin ay nakakuha ng malaking momentum noong Enero 2006, na dulot ng pagbebenta ng mga pag-aari ng pamilya ni Thaksin sa Shin Corporation sa Temasek Holdings.Isang grupo na kilala bilang People's Alliance for Democracy (PAD), na pinamumunuan ng media tycoon na si Sondhi Limthongkul, ay nagsimulang magsagawa ng mga regular na mass rallies, na inaakusahan si Thaksin ng katiwalian.Habang ang bansa ay dumausdos sa isang estado ng krisis pampulitika, binuwag ni Thaksin ang Kapulungan ng mga Kinatawan, at isang pangkalahatang halalan ang ginanap noong Abril.Gayunpaman, ang mga partido ng oposisyon, na pinamumunuan ng Democrat Party, ay nagboycott sa halalan.Ipinagpatuloy ng PAD ang mga protesta nito, at bagama't nanalo ang Thai Rak Thai sa halalan, ang mga resulta ay pinawalang-bisa ng Constitutional Court dahil sa pagbabago sa kaayusan ng mga voting booth.Isang bagong halalan ang naka-iskedyul para sa Oktubre, at si Thaksin ay nagpatuloy sa paglilingkod bilang pinuno ng tagapag-alaga ng pamahalaan habang ipinagdiriwang ng bansa ang diyamanteng jubileo ni Haring Bhumibol noong 9 Hunyo 2006. ^[79]