Noong 1988, muling itinatag ang demokrasya sa Pakistan sa pamamagitan ng pangkalahatang halalan pagkatapos ng pagkamatay ni Pangulong Zia-ul-Haq.Ang mga halalan na ito ay humantong sa pagbabalik ng Pakistan Peoples Party (PPP) sa kapangyarihan, kung saan si Benazir Bhutto ang naging unang babaeng Punong Ministro ng Pakistan at ang unang babaeng pinuno ng pamahalaan sa isang bansang karamihan sa mga Muslim.Ang panahong ito, na tumagal hanggang 1999, ay nailalarawan sa pamamagitan ng isang mapagkumpitensyang dalawang-partido na sistema, kasama ang mga konserbatibong sentro-kanang pinamumunuan ni Nawaz Sharif at ang mga sosyalistang sentro-kaliwa sa ilalim ni Benazir Bhutto.Sa panahon ng kanyang panunungkulan, pinangunahan ni Bhutto ang Pakistan sa mga huling yugto ng Cold War , pinapanatili ang mga patakarang maka-Kanluran dahil sa ibinahaging kawalan ng tiwala sa komunismo.Nasaksihan ng kanyang pamahalaan ang pag-alis ng tropang Sobyet mula sa Afghanistan .Gayunpaman, ang pagkatuklas ng proyekto ng bomba atomika ng Pakistan ay humantong sa mahigpit na relasyon sa Estados Unidos at ang pagpapataw ng mga parusang pang-ekonomiya.Ang gobyerno ni Bhutto ay nahaharap din sa mga hamon sa Afghanistan, na may nabigong interbensyon ng militar na humantong sa pagpapaalis sa mga direktor ng serbisyong paniktik.Sa kabila ng mga pagsisikap na pasiglahin ang ekonomiya, kabilang ang Ikapitong Limang-Taon na Plano, ang Pakistan ay nakaranas ng stagflation, at ang gobyerno ni Bhutto ay tuluyang pinatalsik ng konserbatibong Pangulo na si Ghulam Ishaq Khan.