Ang pagkapangulo ng Pervez Musharraf mula 1999 hanggang 2007 ay minarkahan ang unang pagkakataon na ang mga liberal na pwersa ay humawak ng makabuluhang kapangyarihan sa Pakistan.Ang mga inisyatiba para sa liberalisasyon ng ekonomiya, pribatisasyon, at kalayaan sa media ay ipinakilala, kung saan ang executive ng Citibank na si Shaukat Aziz ang kumokontrol sa ekonomiya.Ang gobyerno ni Musharraf ay nagbigay ng amnestiya sa mga manggagawang pampulitika mula sa mga liberal na partido, nag-sideline sa mga konserbatibo at makakaliwa.Malaking pinalawak ni Musharraf ang pribadong media, na naglalayong kontrahin ang impluwensyang pangkultura ng India.Ang Korte Suprema ay nag-utos ng pangkalahatang halalan sa Oktubre 2002, at inendorso ni Musharraf ang pagsalakay ng US sa Afghanistan noong 2001. Ang mga tensyon sa India dahil sa Kashmir ay humantong sa isang pagtatalo ng militar noong 2002.Ang reperendum ni Musharraf noong 2002, na itinuring na kontrobersyal, ay pinalawig ang kanyang termino sa pagkapangulo.Ang pangkalahatang halalan noong 2002 ay nakakita ng mga liberal at centrist na nanalo ng mayorya, na bumuo ng isang pamahalaan na sinusuportahan ni Musharraf.Ang 17th Amendment sa Konstitusyon ng Pakistan ay muling naging lehitimo sa mga aksyon ni Musharraf at pinalawig ang kanyang pagkapangulo.Si Shaukat Aziz ay naging Punong Ministro noong 2004, na nakatuon sa paglago ng ekonomiya ngunit nahaharap sa pagsalungat para sa mga repormang panlipunan.Sina Musharraf at Aziz ay nakaligtas sa ilang mga pagtatangka sa pagpatay na nauugnay sa al-Qaeda.Sa buong mundo, ang mga paratang ng paglaganap ng nuklear ay nasira ang kanilang kredibilidad.Kasama sa mga hamon sa tahanan ang mga salungatan sa mga lugar ng tribo at isang tigil ng kapayapaan sa Taliban noong 2006, kahit na nagpatuloy ang karahasan ng sekta.