Noong 1999, nakaranas ang Pakistan ng walang dugong kudeta ng militar na pinamumunuan ni Heneral Pervez Musharraf at ng mga tauhan ng militar sa Joint Staff HQ.Noong Oktubre 12, inagaw nila ang kontrol mula sa gobyernong sibilyan ni Punong Ministro Nawaz Sharif.Pagkaraan ng dalawang araw, si Musharraf, bilang Punong Tagapagpaganap, ay kontrobersyal na sinuspinde ang Konstitusyon ng Pakistan.Ang kudeta ay hinimok ng tumitinding tensyon sa pagitan ng administrasyon ni Sharif at ng militar, partikular kay General Musharraf.Ang pagtatangka ni Sharif na palitan si Musharraf ng Tenyente-Heneral na si Ziauddin Butt bilang pinuno ng hukbo ay sinalubong ng pagtutol ng mga matataas na opisyal ng militar at humantong sa pagkakakulong kay Butt.Mabilis ang pagpapatupad ng kudeta.Sa loob ng 17 oras, inagaw ng mga kumander ng militar ang mga pangunahing institusyon ng gobyerno, na inilagay si Sharif at ang kanyang administrasyon, kasama ang kanyang kapatid, sa ilalim ng house arrest.Kinokontrol din ng militar ang kritikal na imprastraktura ng komunikasyon.Ang Korte Suprema ng Pakistan, na pinamumunuan ni Chief Justice Irshad Hassan Khan, ay nagpatunay sa batas militar sa ilalim ng "doktrina ng pangangailangan," ngunit nilimitahan ang tagal nito sa tatlong taon.Si Sharif ay nilitis at nahatulan dahil sa paglalagay ng panganib sa mga buhay sakay ng isang sasakyang panghimpapawid na lulan ng Musharraf, isang desisyon na nagdulot ng kontrobersya.Noong Disyembre 2000, hindi inaasahang pinatawad ni Musharraf si Sharif, na lumipad sa Saudi Arabia.Noong 2001, naging Pangulo si Musharraf matapos pilitin si Pangulong Rafiq Tarar na magbitiw.Isang pambansang reperendum noong Abril 2002, na binatikos bilang mapanlinlang ng marami, ang nagpalawig sa pamumuno ni Musharraf.Ang pangkalahatang halalan noong 2002 ay bumalik sa demokrasya, kung saan ang PML(Q) ni Musharraf ay bumubuo ng isang minoryang pamahalaan.