Noong dekada 1990, nagpatuloy ang rehimeng militar ng Myanmar sa kontrol sa kabila ng pagkapanalo ng National League for Democracy (NLD) sa multiparty na halalan noong 1990. Ang mga pinuno ng NLD na sina Tin Oo at Aung San Suu Kyi ay pinanatili sa ilalim ng pag-aresto sa bahay, at ang militar ay nahaharap sa pagtaas ng pang-internasyonal na panggigipit pagkatapos ni Suu Nanalo si Kyi ng Nobel Peace Prize noong 1991. Pinalitan si Saw Maung ng Heneral Than Shwe noong 1992, pinaluwag ng rehimen ang ilang mga paghihigpit ngunit pinanatili ang pagkakahawak nito sa kapangyarihan, kabilang ang pagtigil sa mga pagtatangka na bumalangkas ng bagong konstitusyon.Sa buong dekada, kinailangang tugunan ng rehimen ang iba't ibang etnikong insurhensiya.Ang mga kapansin-pansing kasunduan sa tigil-putukan ay nakipag-usap sa ilang grupo ng tribo, bagaman ang isang pangmatagalang kapayapaan sa pangkat etniko ng Karen ay nanatiling mailap.Bukod pa rito, ang panggigipit ng US ay humantong sa isang pakikitungo kay Khun Sa, isang opium warlord, noong 1995. Sa kabila ng mga hamon na ito, may mga pagtatangka na gawing moderno ang rehimeng militar, kabilang ang pagpapalit ng pangalan sa State Peace and Development Council (SPDC) noong 1997 at paglipat ang kabisera mula Yangon hanggang Naypyidaw noong 2005.Ang gobyerno ay nag-anunsyo ng pitong hakbang na "roadmap to democracy" noong 2003, ngunit walang timetable o proseso ng pag-verify, na humahantong sa pag-aalinlangan mula sa mga internasyonal na tagamasid.Ang Pambansang Kumbensiyon ay muling nagtipon noong 2005 upang muling isulat ang Konstitusyon ngunit hindi isinama ang mga pangunahing grupong maka-demokrasya, na humahantong sa higit pang pagpuna.Ang mga paglabag sa karapatang pantao, kabilang ang sapilitang paggawa, ay humantong sa International Labor Organization na humingi ng prosekusyon sa mga miyembro ng junta para sa mga krimen laban sa sangkatauhan noong 2006. ^[90]