Ang Kaharian ng Lan Na ay nagkaroon ng salungatan sa mga estado ng Shan sa ekspansyonistang haring Burmese na si Bayinnaung.Sinalakay ng mga pwersa ni Bayinnaung ang Lan Na mula sa hilaga, at sumuko si Mekuti noong 2 Abril 1558. ^[50] Dahil sa hinimok ni Setthathirath, nag-alsa si Mekuti noong Digmaang Burmese–Siamese (1563–64).Ngunit ang hari ay nahuli ng mga pwersang Burmese noong Nobyembre 1564, at ipinadala sa kabisera ng Pegu ng Burmese noon.Pagkatapos ay ginawa ni Bayinnaung si Wisutthithewi, isang Lan Na royal, ang reyna na naghahari sa Lan Na.Pagkamatay niya, hinirang ni Bayinnaung ang isa sa kanyang mga anak na si Nawrahta Minsaw (Noratra Minsosi), viceroy ng Lan Na noong Enero 1579. ^[51] Pinahintulutan ng Burma ang isang malaking antas ng awtonomiya para sa Lan Na ngunit mahigpit na kinokontrol ang corvée at pagbubuwis.Sa pamamagitan ng 1720s, ang Toungoo Dynasty ay nasa huling bahagi nito.Noong 1727, nag-alsa ang Chiang Mai dahil sa mataas na buwis.Napaatras ng mga pwersa ng paglaban ang hukbong Burmese noong 1727–1728 at 1731–1732, pagkatapos nito ay naging independyente ang lambak ng Chiang Mai at Ping.^[52] Naging tributary muli ang Chiang Mai noong 1757 sa bagong dinastiya ng Burmese.Muli itong nag-alsa noong 1761 na may panghihikayat sa Siamese ngunit nasugpo ang paghihimagsik noong Enero 1763. Noong 1765, ginamit ng mga Burmese ang Lan Na bilang lunsaran upang lusubin ang mga estado ng Laotian, at ang Siam mismo.