Ang 1582–83 census ay nakarehistro na ang vilayet, isang autonomous na bahagi ng hangganan ng Sanjak ng Scutari, ay may nahiyah ng Grbavci (13 nayon), Župa (11 nayon), Malonšići (7 nayon), Pješivci (14 na nayon), Cetinje (16 villages), Rijeka (31 villages), Crmnica (11 villages), Paštrovići (36 villages) at Grbalj (9 villages);may kabuuang 148 na nayon.Ang mga tribo ng Montenegrin, na may suporta ng Serbian Orthodox Eparchy of Cetinje, ay nakipaglaban sa mga digmaang gerilya laban sa mga Ottoman na may ilang antas ng tagumpay.Bagaman ang mga Ottoman ay patuloy na namamahala sa bansa, ang mga bundok ay sinasabing hindi pa ganap na nasakop.Nagkaroon ng mga tribal assemblies (zbor).Ang punong obispo (at mga pinuno ng tribo) ay madalas na nakipag-alyansa sa Republika ng Venice.Ang mga Montenegrin ay nakipaglaban at nanalo ng dalawang mahahalagang labanan sa Lješkopolje, noong 1604 at 1613, sa ilalim ng pamumuno at utos ng Metropolitan Rufim Njeguš.Ito ang unang labanan, sa marami, na pinamunuan ng isang obispo, at nagawang talunin ang mga Ottoman.Sa panahon ng Great Turkish War, noong 1685, pinamunuan ni Suleiman, Pasha ng Scutari, ang isang contingent na lumapit sa Cetinje, at sa daan ay nakipagsagupaan sa mga hajduk sa serbisyo ng Venetian sa ilalim ng utos ni Bajo Pivljanin sa burol ng Vrtijeljka (sa Labanan ng Vrtijeljka) , kung saan nila nilipol ang mga hajduk.Pagkatapos, ang matagumpay na mga Ottoman ay nagparada na may 500 pinutol na ulo sa pamamagitan ng Cetinje, at sinalakay din ang monasteryo ng Cetinje at ang palasyo ni Ivan Crnojević.Pinatalsik ng mga Montenegrin ang mga Ottoman at iginiit ang kalayaan pagkatapos ng Great Turkish War (1683–1699).