Noong 1991–1995 Bosnian War at Croatian War, lumahok ang Montenegro kasama ang mga pwersang pulis at militar nito sa mga pag-atake sa mga bayan ng Dubrovnik, Croatia at Bosnian kasama ang mga tropang Serbiano, mga agresibong aksyon na naglalayong makakuha ng mas maraming teritoryo sa pamamagitan ng puwersa, na nailalarawan sa pare-parehong pattern ng malalaman at sistematikong paglabag sa karapatang pantao.Ang Montenegrin General Pavle Strugar ay nahatulan na dahil sa kanyang bahagi sa pambobomba sa Dubrovnik.Ang mga refugee ng Bosnian ay inaresto ng pulisya ng Montenegrin at dinala sa mga kampo ng Serb sa Foča, kung saan sila ay isinailalim sa sistematikong tortyur at pinatay.Noong Mayo 1992, nagpataw ang United Nations ng embargo sa FRY: naapektuhan nito ang maraming aspeto ng buhay sa bansa.Dahil sa paborableng heograpikal na lokasyon nito (access sa Adriatic Sea at isang water-link sa Albania sa kabila ng Lake Skadar) Montenegro ay naging sentro ng aktibidad ng smuggling.Ang buong industriyal na produksyon ng Montenegrin ay tumigil, at ang pangunahing pang-ekonomiyang aktibidad ng republika ay ang pagpupuslit ng mga gamit ng gumagamit – lalo na ang mga kulang sa suplay tulad ng petrolyo at sigarilyo, na parehong tumataas ang presyo.Ito ay naging isang de facto na legalisadong kasanayan at nagpatuloy ito sa loob ng maraming taon.Sa pinakamainam, ang gobyerno ng Montenegrin ay pumikit sa ilegal na aktibidad, ngunit karamihan ay aktibong bahagi ito.Ang smuggling ay gumawa ng mga milyonaryo mula sa lahat ng uri ng malilim na indibidwal, kabilang ang mga matataas na opisyal ng gobyerno.Si Milo Đukanović ay patuloy na humaharap sa mga aksyon sa iba't ibang mga korte ng Italyano dahil sa kanyang papel sa malawakang smuggling noong 1990s at sa pagbibigay ng ligtas na kanlungan sa Montenegro para sa iba't ibang mga numero ng Italian Mafia na diumano ay nakibahagi rin sa smuggling distribution chain.