Ang bagong sultan ay nagtatag ng isang bagong kabisera sa tabi ng Ilog Johor at, mula roon, patuloy na ginigipit ang mga Portuges sa hilaga.Patuloy siyang nagtutulungan kasama ang kanyang kapatid sa Perak at ang Sultan ng Pahang upang mabawi ang Malacca, na sa panahong ito ay protektado ng kuta A Famosa.Sa hilagang bahagi ng Sumatra sa parehong panahon, ang Sultanate ng Aceh ay nagsimulang magkaroon ng malaking impluwensya sa Straits of Malacca.Sa pagbagsak ng Malacca sa kamay ng mga Kristiyano, madalas na nilalaktawan ng mga mangangalakal na Muslim ang Malacca pabor sa Aceh o gayundin sa kabisera ng Johor na Johor Lama (Kota Batu).Samakatuwid, ang Malacca at Aceh ay naging direktang katunggali.Sa madalas na pag-lock ng mga sungay ng Portuges at Johor, naglunsad ang Aceh ng maraming pagsalakay laban sa magkabilang panig upang higpitan ang pagkakahawak nito sa mga kipot.Ang pagtaas at pagpapalawak ng Aceh ay naghikayat sa mga Portuges at Johor na pumirma sa isang tigil-tigilan at ilihis ang kanilang atensyon sa Aceh.Ang tigil-tigilan, gayunpaman, ay panandalian at sa Aceh ay lubhang humina, ang Johor at ang Portuges ay muling nagkatinginan.Sa panahon ng pamumuno ni Sultan Iskandar Muda, inatake ng Aceh ang Johor noong 1613 at muli noong 1615. ^[54]