Sa pagbagsak ng Portuges na Malacca noong 1641 at ang paghina ng Aceh dahil sa lumalagong kapangyarihan ng Dutch, nagsimulang muling itatag ang Johor bilang isang kapangyarihan sa kahabaan ng Straits of Malacca sa panahon ng paghahari ni Sultan Abdul Jalil Shah III (1623–1677). ).^[55] Ang impluwensya nito ay umabot sa Pahang, Sungei Ujong, Malacca, Klang at sa Riau Archipelago.^[56] Sa panahon ng tatsulok na digmaan, lumitaw din ang Jambi bilang isang rehiyonal na kapangyarihang pang-ekonomiya at pampulitika sa Sumatra.Sa una ay nagkaroon ng pagtatangka ng isang alyansa sa pagitan ng Johor at Jambi na may ipinangakong kasal sa pagitan ng tagapagmana na si Raja Muda at anak na babae ng Pengeran ng Jambi.Gayunpaman, ang Raja Muda ay nagpakasal sa halip ang anak na babae ng Laksamana Abdul Jamil na, nababahala tungkol sa pagbabanto ng kapangyarihan mula sa naturang alyansa, ay nag-alok ng kanyang sariling anak na babae para sa kasal sa halip.^[57] Ang alyansa samakatuwid ay nasira, at isang 13-taong digmaan ay naganap sa pagitan ng Johor at ng estado ng Sumatra simula noong 1666. Ang digmaan ay nakapipinsala para sa Johor dahil ang kabisera ng Johor, ang Batu Sawar, ay sinibak ni Jambi noong 1673. Nakatakas ang Sultan sa Pahang at namatay pagkaraan ng apat na taon.Ang kanyang kahalili, si Sultan Ibrahim (1677–1685), ay tumulong sa mga Bugis sa pakikipaglaban upang talunin ang Jambi.^[56] Sa kalaunan ay mananaig ang Johor noong 1679, ngunit nagtapos din sa isang mahinang posisyon dahil ang mga Bugis ay tumangging umuwi, at ang Minangkabaus ng Sumatra ay nagsimula ring igiit ang kanilang impluwensya.^[57]