Si Raja Hijau, ang Green Queen, ay umakyat sa trono ng Patani noong 1584 dahil sa kakulangan ng mga lalaking tagapagmana.Kinilala niya ang awtoridad ng Siamese at pinagtibay ang titulong peracau.Sa ilalim ng kanyang pamumuno, na tumagal ng 32 taon, umunlad ang Patani, naging sentro ng kultura at isang kilalang sentro ng kalakalan.Ang mga mangangalakal na Tsino, Malay, Siamese, Portuges, Hapon, Dutch, at Ingles ay madalas na bumisita sa Patani, na nag-aambag sa paglago ng ekonomiya nito.Ang mga mangangalakal na Tsino, sa partikular, ay may mahalagang papel sa pag-usbong ng Patani bilang isang sentro ng kalakalan, at ang mga mangangalakal sa Europa ay tiningnan ang Patani bilang isang gateway sa pamilihan ng Tsino.Kasunod ng paghahari ni Raja Hijau, ang Patani ay pinamunuan ng sunud-sunod na mga reyna, kabilang ang Raja Biru (ang Blue Queen), Raja Ungu (ang Purple Queen), at Raja Kuning (ang Yellow Queen).Isinasama ni Raja Biru ang Sultanate ng Kelantan sa Patani, habang si Raja Ungu ay bumuo ng mga alyansa at nilabanan ang dominasyon ng Siamese, na humantong sa mga salungatan sa Siam.Ang paghahari ni Raja Kuning ay nagmarka ng pagbaba sa kapangyarihan at impluwensya ni Patani.Humingi siya ng pakikipagkasundo sa mga Siamese, ngunit ang kanyang pamumuno ay minarkahan ng kawalang-tatag sa politika at pagbaba ng kalakalan.Pagsapit ng kalagitnaan ng ika-17 siglo, humina ang kapangyarihan ng mga reyna ng Patani, at sinalanta ng kaguluhan sa pulitika ang rehiyon.Si Raja Kuning ay pinatalsik umano ng Raja ng Kelantan noong 1651, na nagpasimula ng dinastiya ng Kelantan sa Patani.Ang rehiyon ay nahaharap sa mga paghihimagsik at pagsalakay, lalo na mula sa Ayutthaya.Sa pagtatapos ng ika-17 siglo, ang kaguluhan sa pulitika at kawalan ng batas ay nagpapahina sa mga dayuhang mangangalakal na makipagkalakalan sa Patani, na humahantong sa pagbaba nito gaya ng inilarawan sa mga mapagkukunang Tsino.