Ang huling sultan ng dinastiya ng Malaccan, si Sultan Mahmud Shah II, ay kilala sa kanyang mali-mali na pag-uugali, na halos hindi napigilan pagkatapos ng pagkamatay ni Bendehara Habib at ang kasunod na paghirang kay Bendahara Abdul Jalil.Ang pag-uugali na ito ay nagtapos sa pag-utos ng Sultan na ipapatay ang buntis na asawa ng isang maharlika para sa isang maliit na paglabag.Bilang pagganti, ang Sultan ay pinatay ng naagrabyado na maharlika, na iniwang bakante ang trono noong 1699. Ang mga Orang Kaya, mga tagapayo ng sultan, ay bumaling kay Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong ng Muar, na nagmungkahi na si Bendahara Abdul Jalil ang magmana ng trono.Gayunpaman, ang paghalili ay sinalubong ng ilang kawalang-kasiyahan, partikular na mula sa Orang Laut.Sa panahong ito ng kawalang-tatag, dalawang nangingibabaw na grupo sa Johor—ang Bugis at ang Minangkabau—na nakakita ng pagkakataon na gumamit ng kapangyarihan.Ipinakilala ng Minangkabau si Raja Kecil, isang prinsipe na nag-aangking anak ni Sultan Mahmud II pagkatapos ng kamatayan.Sa pangako ng kayamanan at kapangyarihan, unang sinuportahan ng mga Bugis si Raja Kecil.Gayunpaman, ipinagkanulo sila ni Raja Kecil at kinoronahan ang kanyang sarili na Sultan ng Johor nang walang pahintulot nila, dahilan upang tumakas ang dating Sultan Abdul Jalil IV at kalaunan ay pinaslang.Bilang pagganti, ang mga Bugis ay nakipagsanib-puwersa kay Raja Sulaiman, ang anak ni Sultan Abdul Jalil IV, na humantong sa pagpapatalsik kay Raja Kecil sa trono noong 1722. Habang si Raja Sulaiman ay umakyat bilang Sultan, siya ay naging lubhang naimpluwensyahan ng mga Bugis, na, sa diwa, ay namamahala sa Johor.Sa buong paghahari ni Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah noong kalagitnaan ng ika-18 siglo, nagkaroon ng makabuluhang kontrol ang mga Bugis sa pamamahala ng Johor.Napakalaki ng kanilang impluwensya kaya noong 1760, ang iba't ibang pamilya ng Bugis ay nagpakasal sa angkan ng hari ng Johor, na lalong nagpatatag sa kanilang pangingibabaw.Sa ilalim ng kanilang pamumuno, nakaranas ang Johor ng paglago ng ekonomiya, na pinalakas ng integrasyon ng mga mangangalakal na Tsino.Gayunpaman, sa huling bahagi ng ika-18 siglo, si Engkau Muda ng pangkat ng Temenggong ay nagsimulang bawiin ang kapangyarihan, inilatag ang pundasyon para sa hinaharap na kaunlaran ng sultanato sa ilalim ng patnubay ni Temenggong Abdul Rahman at ng kanyang mga inapo.