Ang walong taon ng dalawang termino ni Mohammad Khatami bilang pangulo noong 1997–2005 ay tinatawag minsan na Panahon ng Reporma ng Iran.^[122] Ang pagkapangulo ni Mohammad Khatami, simula noong Mayo 23, 1997, ay minarkahan ang isang makabuluhang pagbabago sa pampulitikang tanawin ng Iran, na nagbibigay-diin sa reporma at modernisasyon.Nanalo sa halalan na may kahanga-hangang 70% ng boto sa gitna ng mataas na turnout na halos 80%, ang tagumpay ni Khatami ay kapansin-pansin sa malawak nitong suporta, kabilang ang mga tradisyonal na makakaliwa, mga pinuno ng negosyo na nagtataguyod ng pagiging bukas sa ekonomiya, at mga nakababatang botante.^[123]Ang halalan ni Khatami ay nagpahiwatig ng pagnanais para sa pagbabago sa lipunan ng Iran, lalo na pagkatapos ng Digmaang Iran- Iraq at ang panahon ng muling pagtatayo pagkatapos ng salungatan.Ang kanyang pagkapangulo, na kadalasang nauugnay sa "2nd of Khordad Movement," ay nakatuon sa panuntunan ng batas, demokrasya, at inklusibong partisipasyon sa pulitika.Sa una, ang bagong panahon ay nakakita ng makabuluhang liberalisasyon.Ang bilang ng mga pang-araw-araw na pahayagan na inilathala sa Iran ay tumaas mula lima hanggang dalawampu't anim.Ang paglalathala ng journal at libro ay tumaas din.Ang industriya ng pelikula ng Iran ay umunlad sa ilalim ng rehimeng Khatami at ang mga pelikulang Iranian ay nanalo ng mga premyo sa Cannes, at Venice.^[124] Gayunpaman, ang kanyang repormistang adyenda ay madalas na sumasalungat sa mga konserbatibong elemento ng Iran, partikular sa mga nasa makapangyarihang posisyon tulad ng Guardian Council.Ang mga sagupaan na ito ay madalas na nagresulta sa pagkatalo ni Khatami sa mga labanang pampulitika, na humahantong sa pagkadismaya sa kanyang mga tagasuporta.Noong 1999, ang mga bagong curbs ay inilagay sa press.Ipinagbawal ng mga korte ang higit sa 60 pahayagan.^[124] Ang mahahalagang kaalyado ni Pangulong Khatami ay inaresto, nilitis at ikinulong sa kung ano ang itinuturing ng mga tagamasid sa labas na "ginagawa" ^[125] o ideolohikal na batayan.Ang administrasyon ni Khatami ay nasa ilalim ng konstitusyon ng Supreme Leader, na naglilimita sa kanyang awtoridad sa mga pangunahing institusyon ng estado.Ang kanyang kapansin-pansing pagtatangka sa pambatasan, ang "kambal na panukalang batas," ay naglalayong repormahin ang mga batas sa halalan at linawin ang mga kapangyarihan ng pangulo.Ang mga panukalang batas na ito ay ipinasa ng parlyamento ngunit na-veto ng Guardian Council, na sumasagisag sa mga hamon na kinaharap ni Khatami sa pagpapatupad ng mga reporma.Ang pagkapangulo ni Khatami ay nailalarawan sa pamamagitan ng pagbibigay-diin sa kalayaan sa pamamahayag, lipunang sibil, karapatan ng kababaihan, pagpaparaya sa relihiyon, at pag-unlad sa pulitika.Hinangad niyang mapabuti ang imahe ng Iran sa buong mundo, nakipag-ugnayan sa European Union at naging unang pangulo ng Iran na bumisita sa ilang bansa sa Europa.Ang kanyang mga patakaran sa ekonomiya ay nagpatuloy sa mga pagsisikap sa industriyalisasyon ng mga nakaraang pamahalaan, na nakatuon sa pribatisasyon at pagsasama ng ekonomiya ng Iran sa pandaigdigang merkado.Sa kabila ng mga pagsisikap na ito, nahaharap ang Iran ng mga makabuluhang hamon, kabilang ang kawalan ng trabaho at patuloy na pakikibaka sa kahirapan.Sa patakarang panlabas, layunin ni Khatami ang pakikipagkasundo sa paghaharap, pagtataguyod ng "Dialogue Among Civilizations" at pagtatangkang ayusin ang relasyon sa Kanluran.Maraming mga bansa sa European Union ang nagsimulang mag-renew ng ugnayang pang-ekonomiya sa Iran noong huling bahagi ng dekada 1990, at tumaas ang kalakalan at pamumuhunan.Noong 1998, muling itinatag ng Britain ang diplomatikong relasyon sa Iran, na nasira mula noong 1979 revolution.Pinaluwag ng Estados Unidos ang pang-ekonomiyang embargo nito, ngunit patuloy nitong hinarangan ang higit pang mga normal na relasyon, na nangangatwiran na ang bansa ay nasangkot sa internasyonal na terorismo at nagkakaroon ng kapasidad sa mga armas nukleyar.