Ang pagkapangulo ni Akbar Hashemi Rafsanjani, na nagsimula noong Agosto 16, 1989, ay minarkahan ng pagtutok sa liberalisasyon ng ekonomiya at pagtulak tungo sa pribatisasyon, na kaibahan sa mas kontrolado ng estado na diskarte ng mga nakaraang administrasyon sa Islamic Republic of Iran.Inilarawan bilang "liberal sa ekonomiya, awtoritaryan sa pulitika, at tradisyonal na pilosopikal," humarap ang administrasyon ni Rafsanjani sa pagsalungat mula sa mga radikal na elemento sa loob ng Majles (parliyamento ng Iran).^[114]Sa kanyang panunungkulan, naging instrumento si Rafsanjani sa muling pagtatayo ng Iran pagkatapos ng digmaan kasunod ng Digmaang Iran-Iraq.^[115] Sinubukan ng kanyang administrasyon na pigilan ang mga kapangyarihan ng mga ultra-konserbatibo, ngunit ang mga pagsisikap na ito ay higit na hindi matagumpay dahil ang Iranian Revolutionary Guards ay nakakuha ng higit na kapangyarihan sa ilalim ng patnubay ni Khamenei.Hinarap ni Rafsanjani ang mga alegasyon ng katiwalian mula sa parehong konserbatibo ^[116] at repormistang paksyon, ^[117] at ang kanyang pagkapangulo ay kilala sa malupit na pagsuway sa hindi pagsang-ayon.^[118]Pagkatapos ng digmaan, ang pamahalaan ni Rafsanjani ay nakatuon sa pambansang kaunlaran.Ang unang plano sa pagpapaunlad ng Islamic Republic of Iran ay binuo sa ilalim ng kanyang administrasyon, na naglalayong gawing moderno ang depensa, imprastraktura, kultura, at ekonomiya ng Iran.Hinangad ng plano na matugunan ang mga pangunahing pangangailangan, reporma ang mga pattern ng pagkonsumo, at pahusayin ang pamamahala sa administratibo at panghukuman.Nakilala ang pamahalaan ni Rafsanjani sa pagbibigay-priyoridad sa pagpapaunlad ng imprastraktura ng industriya at transportasyon.Sa loob ng bansa, itinaguyod ni Rafsanjani ang isang malayang ekonomiya sa pamilihan, na nagtataguyod ng liberalisasyon ng ekonomiya sa kaban ng estado na pinalakas ng mga kita sa langis.Nilalayon niyang isama ang Iran sa pandaigdigang ekonomiya, na nagtataguyod para sa mga patakaran sa pagsasaayos ng istruktura na inspirasyon ng World Bank.Ang pamamaraang ito ay naghangad ng isang modernong ekonomiyang nakabatay sa industriya, na kaibahan sa mga patakaran ng kanyang kahalili, si Mahmoud Ahmadinejad, na pumabor sa muling pamamahagi ng ekonomiya at isang matigas na paninindigan laban sa interbensyon ng Kanluran.Hinikayat ni Rafsanjani ang pakikipagtulungan sa pagitan ng mga unibersidad at industriya, na nagbibigay-diin sa pangangailangang umangkop sa mabilis na pagbabago ng pandaigdigang tanawin.Pinasimulan niya ang mga proyekto tulad ng Islamic Azad University, na nagpapahiwatig ng pangako sa edukasyon at pag-unlad.^[119]Nakita rin ng panunungkulan ni Rafsanjani ang pagbitay sa iba't ibang grupo ng sistema ng hudisyal ng Iran, kabilang ang mga dissidenteng pulitikal, Komunista, Kurd, Baháʼí, at maging ang ilang mga kleriko ng Islam.Nagsagawa siya ng isang partikular na mahirap na paninindigan laban sa People's Mojahedin Organization of Iran, na nagtataguyod ng mga malupit na parusa alinsunod sa batas ng Islam.^[120] Malapit na nakipagtulungan si Rafsanjani kay Khamenei upang matiyak ang katatagan ng pamahalaan pagkatapos ng pagkamatay ni Khomeini.Sa mga usaping panlabas, nagtrabaho si Rafsanjani upang ayusin ang mga ugnayan sa mga estadong Arabo at palawakin ang ugnayan sa mga bansa sa Gitnang Asya at Caucasus.Gayunpaman, ang mga relasyon sa mga bansang Kanluranin, lalo na ang US, ay nanatiling mahigpit.Ang gobyerno ni Rafsanjani ay nagbigay ng humanitarian aid sa panahon ng Persian Gulf War at nagpahayag ng suporta para sa mga hakbangin sa kapayapaan sa Gitnang Silangan.Malaki rin ang naging papel niya sa pagsuporta sa programang nuklear ng Iran, na tinitiyak na mapayapa ang paggamit ng Iran sa teknolohiyang nuklear.^[121]