Pagkatapos ng mahabang panahon ng ligtas na pamumuno ng mga Romano, mula sa 320's Pannonia ay muli sa madalas na digmaan sa East Germanic at Sarmatian na mga tao sa hilaga at silangan.Parehong nagmartsa ang mga Vandal at mga Goth sa lalawigan, na nagdulot ng malaking pagkawasak.^[6] Pagkatapos ng paghahati ng Imperyong Romano, nanatili ang Pannonia sa ilalim ng pamumuno ng Kanlurang Imperyong Romano, bagaman ang distrito ng Sirmium ay higit na nasa saklaw ng impluwensya ng Silangan.Habang ang populasyon ng Latin ng lalawigan ay tumakas mula sa patuloy na pagsalakay ng mga barbaro, ^[7] nagsimulang lumitaw ang mga pangkat ng Hunnic sa gilid ng Danube.Noong 375 CE, sinimulan ng mga nomadic na Huns ang pagsalakay sa Europa mula sa silangang steppes, na nag-udyok sa Dakilang Panahon ng mga Migrasyon.Noong 380, ang mga Hun ay tumagos sa kasalukuyang Hungary, at nanatiling mahalagang salik sa rehiyon hanggang sa ika-5 siglo.Ang mga lalawigan ng Pannonian ay nagdusa mula sa Panahon ng Migrasyon mula 379 pataas, ang pag-areglo ng kaalyado ng Goth-Alan-Hun ay nagdulot ng paulit-ulit na malubhang krisis at pagkawasak, inilarawan ito ng mga kontemporaryo bilang isang estado ng pagkubkob, ang Pannonia ay naging isang invasion corridor kapwa sa hilaga at sa ang timog.Ang paglipad at pangingibang-bansa ng mga Romano ay nagsimula pagkatapos ng dalawang mahihirap na dekada noong 401, nagdulot din ito ng pag-urong sa sekular at eklesiastikal na buhay.Ang kontrol ng Hun ay unti-unting lumawak sa Pannonia mula 410, sa wakas ay pinagtibay ng Imperyo ng Roma ang pagtitiwala sa Pannonia sa pamamagitan ng kasunduan noong 433. Ang paglipad at paglipat ng mga Romano mula sa Pannonia ay nagpatuloy nang walang pagkagambala hanggang sa pagsalakay ng mga Avars.Ang Huns, sinasamantala ang pag-alis ng mga Goth, Quadi, et al., ay lumikha ng isang makabuluhang imperyo noong 423 na nakabase sa Hungary.Noong 453 naabot nila ang kasagsagan ng kanilang pagpapalawak sa ilalim ng kilalang mananakop, si Attila the Hun.Bumagsak ang imperyo noong 455, nang talunin ang mga Hun ng mga kalapit na tribong Germanic (tulad ng Quadi, Gepidi at Sciri).