Ang mga Greek ay nananatili sa Peloponnese hanggang 1460, at ang mga Venetian at Genoese ay kumapit sa ilan sa mga isla, ngunit noong unang bahagi ng ika-16 na siglo ang lahat ng mainland Greece at karamihan sa mga isla ng Aegean ay kolonisado ng Ottoman Empire , hindi kasama ang ilang mga daungan pa rin. hawak ng mga Venetian (Nafplio, Monemvasia, Parga at Methone ang pinakamahalaga sa kanila).Ang mga isla ng Cyclades, sa gitna ng Aegean, ay opisyal na pinagsama ng mga Ottoman noong 1579, kahit na sila ay nasa ilalim ng katayuang vassal mula noong 1530s.Bumagsak ang Cyprus noong 1571, at pinanatili ng mga Venetian ang Crete hanggang 1669. Ang mga Isla ng Ionian ay hindi kailanman pinasiyahan ng mga Ottoman, maliban sa Kefalonia (mula 1479 hanggang 1481 at mula 1485 hanggang 1500), at nanatili sa ilalim ng pamamahala ng Republika ng Venice .Ito ay sa Ionian Islands kung saan ipinanganak ang modernong estadong Griyego, sa paglikha ng Republic of the Seven Islands noong 1800.Ang Ottoman Greece ay isang multiethnic na lipunan.Gayunpaman, ang modernong Kanluraning ideya ng multikulturalismo, bagaman sa unang tingin ay tila tumutugma sa sistema ng mga millet, ay itinuturing na hindi tugma sa sistemang Ottoman.Ang mga Griyego sa isang kamay ay binigyan ng ilang mga pribilehiyo at kalayaan;kasama ang isa pa ay nalantad sila sa isang paniniil na nagmumula sa mga maling gawain ng mga administratibong tauhan nito kung saan ang sentral na pamahalaan ay may malayuan at hindi kumpletong kontrol.Nang dumating ang mga Ottoman, dalawang migrasyon ng mga Griyego ang naganap.Ang unang migrasyon ay nagsasangkot ng mga Griyegong intelligentsia na lumipat sa Kanlurang Europa at naimpluwensyahan ang pagdating ng Renaissance.Ang ikalawang paglipat ay kinailangan ng mga Greek na umalis sa kapatagan ng peninsula ng Greece at muling manirahan sa mga bundok.Ang sistema ng dawa ay nag-ambag sa pagkakaisa ng etniko ng mga Orthodox Greek sa pamamagitan ng paghihiwalay sa iba't ibang mga tao sa loob ng Ottoman Empire batay sa relihiyon.Ang mga Griyego na naninirahan sa kapatagan sa panahon ng pamumuno ng Ottoman ay alinman sa mga Kristiyano na humarap sa mga pasanin ng dayuhang pamumuno o mga crypto-Christians (mga Griyegong Muslim na mga lihim na practitioner ng pananampalatayang Greek Orthodox).Ang ilang mga Griyego ay naging crypto-Christians upang maiwasan ang mabibigat na buwis at kasabay nito ay ipahayag ang kanilang pagkakakilanlan sa pamamagitan ng pagpapanatili ng kanilang kaugnayan sa Greek Orthodox Church.Gayunpaman, ang mga Greek na nagbalik-loob sa Islam at hindi mga crypto-Christians ay itinuring na "Turks" (Muslims) sa mata ng mga Orthodox Greek, kahit na hindi nila pinagtibay ang wikang Turko.Pinamunuan ng mga Ottoman ang karamihan sa Greece hanggang sa unang bahagi ng ika-19 na siglo.Ang unang pinamamahalaan sa sarili, mula noong Middle Ages, ang Hellenic na estado ay itinatag sa panahon ng French Revolutionary Wars, noong 1800, 21 taon bago ang pagsiklab ng Greek revolution sa mainland Greece.Ito ay ang Septinsular Republic na may Corfu bilang kabisera.