Noong unang bahagi ng ika-16 na siglo, pagkatapos ng pananakop ng Ottoman sa Ehipto noong 1517, hinirang ni Sultan Selim I si Yunus Pasha bilang gobernador ng Ehipto, ngunit hindi nagtagal ay pinalitan siya ni Hayır Bey dahil sa mga isyu sa katiwalian.^[97] Ang panahong ito ay minarkahan ang isang labanan sa kapangyarihan sa pagitan ng mga kinatawan ng Ottoman at ng mgaMamluk , na nagpapanatili ng makabuluhang impluwensya.Ang mga Mamluk ay isinama sa istrukturang administratibo, na humahawak ng mga pangunahing posisyon sa 12 sanjak ng Ehipto.Sa ilalim ni Sultan Suleiman the Magnificent, ang Greater Divan at Lesser Divan ay itinatag upang tulungan ang pasha, na may representasyon mula sa hukbo at mga awtoridad sa relihiyon.Nagtatag si Selim ng anim na regiment para sa proteksyon ng Egypt, kung saan idinagdag ni Suleiman ang ikapito.^[98]Ang administrasyong Ottoman ay madalas na pinapalitan ang Egyptian governor, madalas taun-taon.Isang gobernador, si Hain Ahmed Pasha, ang nagtangkang magtatag ng kalayaan ngunit napigilan at pinatay.^[98] Noong 1527, isinagawa ang isang pagsisiyasat sa lupa sa Ehipto, na ikinategorya ang lupa sa apat na uri: ang nasasakupan ng sultan, mga fief, lupain ng pagpapanatili ng militar, at mga lupang pundasyon ng relihiyon.Ang survey na ito ay ipinatupad noong 1605. ^[98]Ang ika-17 siglo sa Egypt ay nailalarawan sa pamamagitan ng mga pag-aalsa ng militar at mga salungatan, kadalasan dahil sa mga pagtatangka na pigilan ang pangingikil ng mga tropa.Noong 1609, isang makabuluhang salungatan ang humantong sa matagumpay na pagpasok ni Kara Mehmed Pasha sa Cairo, na sinundan ng mga reporma sa pananalapi.^[98] Sa panahong ito, ang lokal na Mamluk beys ay nakakuha ng pangingibabaw sa administrasyong Egyptian, madalas na humahawak ng mga posisyong militar at hinahamon ang mga gobernador na hinirang ng Ottoman.^[99] Ang hukbong Ehipsiyo, na may malakas na lokal na ugnayan, ay madalas na nakakaimpluwensya sa paghirang ng mga gobernador at may malaking kontrol sa administrasyon.^[100]Nakita din ng siglo ang pag-usbong ng dalawang maimpluwensyang paksyon sa Egypt: ang Faqari, na nakaugnay sa Ottoman cavalry, at ang Qasimi, na nauugnay sa katutubong hukbo ng Egypt.Ang mga paksyon na ito, na sinasagisag ng kanilang natatanging mga kulay at simbolo, ay makabuluhang nakaimpluwensya sa pamamahala at pulitika ng Ottoman Egypt.^[101]