Si Hun Sen at ang kanyang gobyerno ay nakakita ng maraming kontrobersya.Si Hun Sen ay isang dating Khmer Rouge commander na orihinal na iniluklok ng mga Vietnamese at, pagkaalis ng mga Vietnamese sa bansa, pinananatili ang kanyang matatag na posisyon bilang tao sa pamamagitan ng karahasan at pang-aapi kapag itinuturing na kinakailangan.^[101] Noong 1997, sa takot sa lumalagong kapangyarihan ng kanyang kapwa Punong Ministro, si Prinsipe Norodom Ranariddh, naglunsad si Hun ng isang kudeta, gamit ang hukbo upang linisin si Ranariddh at ang kanyang mga tagasuporta.Si Ranariddh ay pinatalsik at tumakas patungong Paris habang ang iba pang mga kalaban ni Hun Sen ay inaresto, pinahirapan at ang ilan ay pinatay.^[101]