Si Michael IX Palaiologos ay Byzantine Emperor kasama ang kanyang ama na si Andronikos II Palaiologos mula 1294 hanggang sa kanyang kamatayan.Si Andronikos II at Michael IX ay namuno bilang magkapantay na mga pinuno, parehong gumagamit ng pamagat na autokrator.Sa kabila ng kanyang prestihiyo sa militar, dumanas siya ng ilang pagkatalo, para sa hindi malinaw na mga kadahilanan: ang kanyang kawalan ng kakayahan bilang isang kumander, ang nakalulungkot na estado ng hukbong Byzantine o simpleng malas.Ang nag-iisang emperador ng Palaiologan na nauna sa kanyang ama, ang kanyang maagang pagkamatay sa edad na 43 ay iniuugnay sa bahagi sa kalungkutan sa aksidenteng pagpatay sa kanyang nakababatang anak na si Manuel Palaiologos ng mga retainer ng kanyang nakatatandang anak at kalaunan ay kasamang emperador na si Andronikos III Palaiologos.