Urais wa Pervez Musharraf kutoka 1999 hadi 2007 ulikuwa ni mara ya kwanza kwa vikosi vya kiliberali kuwa na nguvu kubwa nchini Pakistan.Mipango ya ukombozi wa kiuchumi, ubinafsishaji, na uhuru wa vyombo vya habari ilianzishwa, na mtendaji mkuu wa Citibank Shaukat Aziz kuchukua udhibiti wa uchumi.Serikali ya Musharraf ilitoa msamaha kwa wafanyakazi wa kisiasa kutoka vyama vya kiliberali, kuwaweka kando wahafidhina na wale wa mrengo wa kushoto.Musharraf alipanua kwa kiasi kikubwa vyombo vya habari vya kibinafsi, akilenga kukabiliana na ushawishi wa kitamaduni wa India.Mahakama ya Juu iliamuru uchaguzi mkuu ufanyike kufikia Oktoba 2002, na Musharraf akaidhinisha uvamizi wa Marekani dhidi ya Afghanistan mwaka wa 2001. Mivutano na India kuhusu Kashmir ilisababisha mzozo wa kijeshi mwaka wa 2002.Kura ya maoni ya Musharraf ya 2002, iliyoonekana kuwa na utata, iliongeza muda wake wa urais.Uchaguzi mkuu wa 2002 ulishuhudia waliberali na wapenda misimamo wakishinda wengi, na kuunda serikali kwa kuungwa mkono na Musharraf.Marekebisho ya 17 ya Katiba ya Pakistan yalihalalisha tena hatua za Musharraf na kuongeza muda wake wa urais.Shaukat Aziz alikua Waziri Mkuu mwaka 2004, akizingatia ukuaji wa uchumi lakini akikabiliwa na upinzani wa mageuzi ya kijamii.Musharraf na Aziz walinusurika majaribio kadhaa ya mauaji yaliyohusishwa na al-Qaeda.Kimataifa, madai ya kuenea kwa nyuklia yaliharibu uaminifu wao.Changamoto za ndani zilijumuisha migogoro katika maeneo ya kikabila na mapatano na Taliban mwaka 2006, ingawa vurugu za kidini ziliendelea.