Wakati wa Vita vya Bosnia vya 1991-1995 na Vita vya Kroatia, Montenegro ilishiriki na polisi na vikosi vyake vya kijeshi katika shambulio la miji ya Dubrovnik, Kroatia na Bosnia pamoja na askari wa Serbia, vitendo vya fujo vilivyolenga kupata maeneo zaidi kwa nguvu, yenye sifa ya muundo thabiti wa ukiukwaji mkubwa na wa utaratibu wa haki za binadamu.Jenerali wa Montenegrin Pavle Strugar tangu wakati huo amehukumiwa kwa sehemu yake katika shambulio la bomu la Dubrovnik.Wakimbizi wa Bosnia walikamatwa na polisi wa Montenegrin na kusafirishwa hadi kwenye kambi za Waserbia huko Foča, ambako waliteswa na kuuawa.Mnamo Mei 1992, Umoja wa Mataifa uliweka vikwazo kwa FRY: hii iliathiri nyanja nyingi za maisha nchini.Kwa sababu ya eneo lake zuri la kijiografia (ufikiaji wa Bahari ya Adriatic na kiunganishi cha maji hadi Albania kuvuka Ziwa Skadar) Montenegro ikawa kitovu cha shughuli za magendo.Uzalishaji mzima wa viwanda wa Montenegro ulikuwa umesimama, na shughuli kuu ya kiuchumi ya jamhuri ikawa ulanguzi wa bidhaa za watumiaji – hasa zile zenye uhaba kama vile petroli na sigara, ambazo zote zilipanda bei.Ikawa desturi iliyohalalishwa na iliendelea kwa miaka.Bora zaidi, serikali ya Montenegro ilifumbia macho shughuli hiyo haramu, lakini mara nyingi ilishiriki kikamilifu katika hilo.Usafirishaji haramu uliwafanya mamilionea kutoka kwa kila aina ya watu wachafu, wakiwemo maafisa wakuu serikalini.Milo Đukanović anaendelea kukabiliwa na hatua katika mahakama mbalimbali za Italia kuhusu jukumu lake katika kuenea kwa magendo katika miaka ya 1990 na katika kutoa mahali pa usalama nchini Montenegro kwa watu tofauti wa Kiitaliano wa Mafia ambao pia wanadaiwa kushiriki katika msururu wa usambazaji wa magendo.