Kwa kuanguka kwa Malacca ya Ureno mnamo 1641 na kupungua kwa Aceh kwa sababu ya kuongezeka kwa nguvu ya Uholanzi, Johor alianza kujiimarisha tena kama mamlaka kwenye Mlango-Bahari wa Malacca wakati wa utawala wa Sultani Abdul Jalil Shah III (1623-1677). )^[55] Ushawishi wake ulienea hadi Pahang, Sungei Ujong, Malacca, Klang na Visiwa vya Riau.^[56] Wakati wa vita vya pembe tatu, Jambi pia aliibuka kama mamlaka ya kiuchumi na kisiasa ya kikanda katika Sumatra.Hapo awali kulikuwa na jaribio la muungano kati ya Johor na Jambi na ndoa iliyoahidiwa kati ya mrithi Raja Muda na binti wa Pengeran wa Jambi.Walakini, Raja Muda alioa badala yake binti wa Laksamana Abdul Jamil ambaye, kwa wasiwasi juu ya kupunguzwa kwa mamlaka kutoka kwa muungano kama huo, alitoa binti yake mwenyewe kwa ndoa badala yake.^[57] Muungano huo ulivunjika, na vita vya miaka 13 vikafuata kati ya Johor na jimbo la Sumatran kuanzia mwaka wa 1666. Vita hivyo vilikuwa vibaya sana kwa Johor kwani mji mkuu wa Johor, Batu Sawar, ulitimuliwa na Jambi mnamo 1673. Sultani alitoroka. Pahang na akafa miaka minne baadaye.Mrithi wake, Sultan Ibrahim (1677–1685), kisha akashiriki msaada wa Bugis katika vita vya kumshinda Jambi.^[56] Johor hatimaye angeshinda mwaka wa 1679, lakini pia aliishia katika hali dhaifu kwani Bugis walikataa kwenda nyumbani, na Minangkabaus wa Sumatra pia walianza kusisitiza ushawishi wao.^[57]