Kiholanzi Malacca (1641-1825) kilikuwa kipindi kirefu zaidi ambacho Malaka ilikuwa chini ya udhibiti wa kigeni.Waholanzi walitawala kwa karibu miaka 183 na uvamizi wa mara kwa mara wa Waingereza wakati wa Vita vya Napoleon (1795-1815).Enzi hii iliona amani ya jamaa na usumbufu mdogo kutoka kwa masultani wa Malay kutokana na maelewano yaliyobuniwa kati ya Uholanzi na Usultani wa Johor mnamo 1606. Wakati huu pia uliashiria kupungua kwa umuhimu wa Malacca.Waholanzi walipendelea Batavia (Jakarta ya sasa) kama kitovu chao cha kiuchumi na kiutawala katika eneo hilo na kushikilia kwao huko Malacca ilikuwa ni kuzuia upotevu wa jiji hilo kwa mataifa mengine ya Uropa na, baadaye, mashindano ambayo yangefuatana nayo.Kwa hivyo, katika karne ya 17, Malacca ilipokoma kuwa bandari muhimu, Usultani wa Johor ukawa mamlaka kuu ya eneo hilo kutokana na kufunguliwa kwa bandari zake na muungano na Uholanzi.