Sultan wa mwisho wa nasaba ya Malacca, Sultan Mahmud Shah II, alijulikana kwa tabia yake isiyo ya kawaida, ambayo kwa kiasi kikubwa haikudhibitiwa baada ya kifo cha Bendehara Habib na uteuzi uliofuata wa Bendahara Abdul Jalil.Tabia hii iliishia kwa Sultani kuamuru kunyongwa kwa mke wa mjamzito mtukufu kwa kosa dogo.Kwa kulipiza kisasi, Sultani aliuawa na mtukufu huyo aliyedhulumiwa, na kuacha kiti cha enzi wazi mnamo 1699. Orang Kayas, washauri wa sultani, walimgeukia Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong wa Muar, ambaye alipendekeza kwamba Bendahara Abdul Jalil arithi kiti cha enzi.Walakini, mfululizo huo ulikabiliwa na kutoridhika, haswa kutoka kwa Orang Laut.Katika kipindi hiki cha ukosefu wa uthabiti, vikundi viwili vikubwa katika Johor—Bugis na Minangkabau—waliona fursa ya kutumia mamlaka.Minangkabau walimtambulisha Raja Kecil, mtoto wa mfalme anayedai kuwa mtoto wa Sultan Mahmud II aliyefariki dunia.Kwa ahadi ya utajiri na mamlaka, Bugis awali ilimuunga mkono Raja Kecil.Hata hivyo, Raja Kecil aliwasaliti na kujivika taji la Sultani wa Johor bila idhini yao, na kusababisha Sultani wa awali Abdul Jalil IV kukimbia na hatimaye kuuawa.Kwa kulipiza kisasi, akina Bugi waliungana na Raja Sulaiman, mwana wa Sultan Abdul Jalil IV, na kusababisha Raja Kecil kung'olewa madarakani mnamo 1722. Wakati Raja Sulaiman alipanda kama Sultani, aliathiriwa sana na Bugis, ambao, kwa kweli, walimtawala Johor.Katika kipindi chote cha utawala wa Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah katikati ya karne ya 18, Bugis walifanya udhibiti mkubwa juu ya utawala wa Johor.Ushawishi wao ulikua mkubwa sana hivi kwamba kufikia 1760, familia mbalimbali za Bugis zilikuwa zimeoana katika ukoo wa kifalme wa Johor, na kuimarisha zaidi utawala wao.Chini ya uongozi wao, Johor alipata ukuaji wa uchumi, ulioimarishwa na ushirikiano wa wafanyabiashara wa China.Hata hivyo, kufikia mwishoni mwa karne ya 18, Engkau Muda wa kikundi cha Temenggong alianza kutwaa tena mamlaka, akiweka msingi wa ustawi wa siku za usoni wa usultani chini ya uongozi wa Temenggong Abdul Rahman na vizazi vyake.