Msafara wa Ufaransa kwenda Misri , unaoonekana kuunga mkono Porte ya Ottoman na kuwakandamizaWamamluk , uliongozwa na Napoleon Bonaparte.Tangazo la Bonaparte huko Aleksandria lilisisitiza usawa, sifa, na heshima kwa Uislamu, likitofautiana na walidhani kuwa Wamamluk hawana sifa hizi.Aliahidi ufikiaji wazi kwa Wamisri wote kwa nyadhifa za utawala na akapendekeza kupinduliwa kwa mamlaka ya upapa ili kuonyesha ufuasi wa Ufaransa kwa Uislamu.^[102]Hata hivyo, Wamisri walikuwa na mashaka na nia ya Wafaransa.Baada ya ushindi wa Wafaransa kwenye Vita vya Embabeh (Vita vya Mapiramidi), ambapo vikosi vya Murad Bey na Ibrahim Bey vilishindwa, baraza la manispaa liliundwa huko Cairo ikiwa ni pamoja na mashehe, Mamluks, na wanachama wa Kifaransa, hasa wakitumikia kutekeleza amri za Kifaransa.^[102]Kutoshindwa kwa Wafaransa kulitiliwa shaka baada ya meli zao kushindwa kwenye Vita vya Mto Nile na kushindwa huko Upper Egypt.Mvutano uliongezeka kwa kuanzishwa kwa ushuru wa nyumba, na kusababisha uasi huko Cairo mnamo Oktoba 1798. Jenerali Dupuy wa Ufaransa aliuawa, lakini Bonaparte na Jenerali Kléber walikandamiza ghasia hizo haraka.Utumiaji wa Kifaransa wa Msikiti wa Al-Azhar kama kibanda ulisababisha machukizo makubwa.^[102]Safari ya Bonaparte ya Syria mwaka 1799 ilidhoofisha udhibiti wa Ufaransa kwa muda huko Misri.Aliporudi, alishinda shambulio la pamoja la Murad Bey na Ibrahim Bey, na baadaye kukandamiza jeshi la Uturuki huko Aboukir.Bonaparte kisha akaondoka Misri, akimteua Kléber kama mrithi wake.^[102] Kléber alikabiliwa na hali ya hatari.Baada ya makubaliano ya awali ya kuwahamisha Wafaransa kuzuiwa na Waingereza, Cairo ilipata machafuko, ambayo Kléber aliyakandamiza.Alijadiliana na Murad Bey, na kumpa udhibiti wa Upper Egypt, lakini Kléber aliuawa mnamo Juni 1800. ^[102]Jenerali Jacques-Francois Menou alimrithi Kléber, akijaribu kupata upendeleo wa Waislamu lakini akiwatenganisha Wamisri kwa kutangaza ulinzi wa Ufaransa.Mnamo 1801, vikosi vya Kiingereza na Kituruki vilitua Abu Qir, na kusababisha kushindwa kwa Ufaransa.Jenerali Belliard alijisalimisha Cairo mwezi wa Mei, na Menou akaiongoza Alexandria mwezi Agosti, na kukomesha ukaliaji wa Wafaransa.^[102] Urithi wa kudumu wa kukaliwa na Wafaransa ulikuwa "Description de l'Egypte," uchunguzi wa kina wa Misri na wasomi wa Kifaransa, ambao ulichangia kwa kiasi kikubwa taaluma ya Egyptology.^[102]