Mwanzoni mwa karne ya 16, baada ya ushindi wa Ottoman wa Misri mwaka wa 1517, Sultan Selim I alimteua Yunus Pasha kuwa gavana wa Misri, lakini hivi karibuni alichukuliwa na Hayır Bey kutokana na masuala ya rushwa.^[97] Kipindi hiki kiliashiria mzozo wa madaraka kati ya wawakilishi wa Ottoman naWamamluk , ambao walidumisha ushawishi mkubwa.Wamamluk walijumuishwa katika muundo wa utawala, wakishikilia nyadhifa muhimu katika sanjak 12 za Misri.Chini ya Sultan Suleiman Mkuu, Divan Mkuu na Divan ndogo zilianzishwa kusaidia pasha, kwa uwakilishi kutoka kwa jeshi na mamlaka ya kidini.Selim alianzisha regiments sita kwa ajili ya ulinzi wa Misri, ambapo Suleiman aliongeza la saba.^[98]Utawala wa Ottoman mara kwa mara ulibadilisha gavana wa Misri, mara nyingi kila mwaka.Gavana mmoja, Hain Ahmed Pasha, alijaribu kuanzisha uhuru lakini alizuiwa na kuuawa.^[98] Mnamo 1527, uchunguzi wa ardhi ulifanyika nchini Misri, ukiainisha ardhi katika aina nne: uwanja wa sultani, fiefs, ardhi ya matengenezo ya kijeshi, na ardhi ya msingi wa kidini.Utafiti huu ulitekelezwa mwaka wa 1605. ^[98]Karne ya 17 nchini Misri ilikuwa na maasi ya kijeshi na migogoro, mara nyingi kutokana na majaribio ya kuzuia unyang'anyi wa askari.Mnamo 1609, mzozo mkubwa ulisababisha Kara Mehmed Pasha kuingia Cairo kwa ushindi, ikifuatiwa na mageuzi ya kifedha.^[98] Wakati huu, Bey za Mamluk za mitaa zilipata mamlaka katika utawala wa Misri, mara nyingi zikiwa na nyadhifa za kijeshi na kuwapa changamoto magavana walioteuliwa na Ottoman.^[99] Jeshi la Misri, likiwa na uhusiano mkubwa wa ndani, mara kwa mara lilishawishi uteuzi wa magavana na lilikuwa na udhibiti mkubwa juu ya utawala.^[100]Karne hiyo pia iliona kuongezeka kwa vikundi viwili vyenye ushawishi nchini Misri: Faqari, iliyounganishwa na wapanda farasi wa Ottoman, na Qasimi, iliyohusishwa na askari asili wa Misri.Makundi haya, yaliyoashiriwa na rangi na alama zao tofauti, yaliathiri kwa kiasi kikubwa utawala na siasa za Misri ya Ottoman.^[101]