Utawala wa Kennedy uliendelea kutafuta njia za kumwondoa Castro madarakani kufuatia Uvamizi wa Ghuba ya Nguruwe, ukifanya majaribio ya njia mbalimbali za kuwezesha kwa siri kupinduliwa kwa serikali ya Cuba.Matumaini makubwa yaliwekwa kwenye mpango wa mashambulizi ya kigaidi na oparesheni nyingine za uvunjifu wa amani inayojulikana kama Operesheni Mongoose, iliyobuniwa chini ya utawala wa Kennedy mwaka wa 1961. Khrushchev alifahamu kuhusu mradi huo mnamo Februari 1962, na maandalizi ya kuweka makombora ya nyuklia ya Soviet huko Cuba yalifanyika kujibu.Akiwa ameshtuka, Kennedy alizingatia miitikio mbalimbali.Hatimaye alijibu uwekaji wa makombora ya nyuklia nchini Cuba na kizuizi cha majini, na aliwasilisha hati ya mwisho kwa Umoja wa Kisovieti .Khrushchev ilirudi nyuma kutokana na makabiliano hayo, na Umoja wa Kisovieti ukaondoa makombora hayo kwa ajili ya ahadi ya umma ya Marekani ya kutoivamia Cuba tena pamoja na makubaliano ya siri ya kuondoa makombora ya Marekani kutoka Uturuki.Baadaye Castro alikiri kwamba "ningekubali matumizi ya silaha za nyuklia. ... tulichukulia kawaida kuwa vita vya nyuklia hata hivyo, na kwamba tungeenda kutoweka."Mgogoro wa Kombora la Cuba (Oktoba-Novemba 1962) ulileta ulimwengu karibu na vita vya nyuklia kuliko hapo awali.Matokeo ya mzozo huo yalisababisha juhudi za kwanza katika mbio za silaha za nyuklia katika kuondoa silaha za nyuklia na kuboresha uhusiano, ingawa makubaliano ya kwanza ya Vita Baridi ya kudhibiti silaha, Mkataba wa Antarctic, ulianza kutumika mnamo 1961.Mnamo 1964, wenzake wa Kremlin wa Khrushchev walifanikiwa kumfukuza, lakini walimruhusu kustaafu kwa amani.Akishutumiwa kwa utovu wa adabu na uzembe, John Lewis Gaddis anasema kuwa Khrushchev pia ilipewa sifa ya kuharibu kilimo cha Usovieti, na kuleta ulimwengu kwenye ukingo wa vita vya nyuklia na kwamba Khrushchev imekuwa 'aibu ya kimataifa' alipoidhinisha ujenzi wa Ukuta wa Berlin.