Vid den barnlösa Feodors död den 7 januari 1598, liksom det ryktade mordet på Feodors mycket yngre bror Dimitry, ledde Boris till makten.Hans val föreslogs av patriarken Job i Moskva, som trodde att Boris var den enda man som kunde hantera svårigheterna i situationen.Boris skulle dock bara acceptera tronen från Zemsky Sobor (nationalförsamlingen), som sammanträdde den 17 februari och enhälligt valde honom den 21 februari.Den 1 september kröntes han högtidligt till tsar.Han insåg behovet av att Ryssland skulle hinna med västvärldens intellektuella framsteg och gjorde sitt bästa för att åstadkomma utbildnings- och sociala reformer.Han var den förste tsaren som importerade utländska lärare i stor skala, den förste som skickade unga ryssar utomlands för att utbildas och den förste som tillät att lutherska kyrkor byggdes i Ryssland.