År 1489 inledde de kristna styrkorna en smärtsamt lång belägring av Baza, det viktigaste fäste som återstår för al-Zagal.Baza var mycket försvarbart eftersom det krävde de kristna att splittra sina arméer, och artilleri var till liten nytta mot det.Att försörja armén orsakade ett enormt budgetunderskott för kastilianerna.Enstaka hot om ämbetsberövande var nödvändiga för att hålla armén i fält, och Isabella kom personligen till belägringen för att hjälpa till att upprätthålla moralen hos både adelsmännen och soldaterna.Efter sex månader kapitulerade al-Zagal, trots att hans garnison fortfarande i stort sett var oskadd;han hade blivit övertygad om att de kristna menade allvar med att upprätthålla belägringen så länge det skulle dröja, och ytterligare motstånd var meningslöst utan hopp om lättnad, vilket det inte fanns några tecken på.Baza beviljades generösa överlämnandevillkor, till skillnad från Málaga.