Inbördeskriget mellan Lê-Trịnh- och Mạc-dynastierna slutade 1592, då Trịnh Tùngs armé erövrade Hanoi och avrättade kung Mạc Mậu Hợp.Överlevande från kungafamiljen Mạc flydde till de norra bergen i provinsen Cao Bằng och fortsatte att härska där fram till 1677 när Trịnh Tạc erövrade detta sista Mạc-territorium.Lê-monarkerna, ända sedan Nguyễn Kims restaurering, agerade bara som galjonsfigurer.Efter Mạc-dynastins fall tillhörde all verklig makt i norr Trịnh-herrarna.Under tiden beslutade Ming-domstolen motvilligt om ett militärt ingripande i det vietnamesiska inbördeskriget, men Mạc Đăng Dung erbjöd rituell underkastelse till Ming-imperiet , vilket accepterades.År 1600 förklarade Nguyễn Hoàng sig själv som Herre (officiellt "Vương") och vägrade att skicka mer pengar eller soldater för att hjälpa Trịnh.Han flyttade också sin huvudstad till Phú Xuân, dagens Huế.Trịnh Tráng efterträdde Trịnh Tùng, sin far, vid hans död 1623. Tráng beordrade Nguyễn Phúc Nguyên att underkasta sig hans auktoritet.Beställningen avslogs två gånger.År 1627 skickade Trịnh Tráng 150 000 soldater söderut i en misslyckad militär kampanj.Trịnh var mycket starkare, med en större befolkning, ekonomi och armé, men de kunde inte besegra Nguyễn, som hade byggt två defensiva stenmurar och investerat i portugisiskt artilleri.Trịnh-Nguyễn-kriget varade från 1627 till 1672. Trịnh-armén arrangerade minst sju offensiver, som alla misslyckades med att fånga Phú Xuân.Under en tid, med början 1651, gick Nguyễn själva till offensiv och attackerade delar av Trịnh-territoriet.Emellertid tvingade Trịnh, under en ny ledare, Trịnh Tạc, tillbaka Nguyễn 1655. Efter en sista offensiv 1672 gick Trịnh Tạc med på en vapenvila med Nguyễn Lord Nguyễn Phúc Tần.Landet delades faktiskt i två delar.Trịnh–Nguyễnkriget gav europeiska handlare möjligheter att stödja varje sida med vapen och teknik: portugiserna hjälpte Nguyễn i söder medan holländarna hjälpte Trịnh i norr.Trịnh och Nguyễn upprätthöll en relativ fred under de kommande hundra åren, under vilka båda sidor gjorde betydande prestationer.Trịnh skapade centraliserade regeringskontor med ansvar för statsbudgeten och producerande av valuta, förenade viktenheterna till ett decimalsystem, etablerade tryckerier för att minska behovet av att importera tryckt material från Kina, öppnade en militärakademi och sammanställde historieböcker.Under tiden fortsatte Nguyễn-herrarna expansionen söderut genom erövringen av det återstående Cham-landet.Việt-bosättare anlände också till det glest befolkade området som kallas "Water Chenla", som var den lägre Mekongdeltatdelen av det tidigare Khmerriket .Mellan mitten av 1600-talet till mitten av 1700-talet, när det tidigare Khmerriket försvagades av interna stridigheter och siamesiska invasioner, använde Nguyễn-herrarna olika medel, politiska äktenskap, diplomatiska påtryckningar, politiska och militära tjänster, för att vinna området runt nuvarande -dag Saigon och Mekongdeltat.Nguyễn-armén stötte ibland också ihop med den siamesiska armén för att etablera inflytande över det tidigare Khmerriket.