Den nya sultanen etablerade en ny huvudstad vid Johorfloden och fortsatte därifrån att trakassera portugiserna i norr.Han arbetade konsekvent tillsammans med sin bror i Perak och sultanen av Pahang för att återta Malacka, som vid det här laget var skyddat av fortet A Famosa.På norra delen av Sumatra omkring samma period började Aceh-sultanatet få ett betydande inflytande över Malackasundet.Med Malackas fall till kristna händer hoppade muslimska handlare ofta över Malacka till förmån för Aceh eller också Johors huvudstad Johor Lama (Kota Batu).Därför blev Malacka och Aceh direkta konkurrenter.Med portugiserna och Johor ofta låsta horn, startade Aceh flera räder mot båda sidor för att skärpa greppet över sundet.Acehs uppkomst och expansion uppmuntrade portugiserna och Johor att underteckna en vapenvila och avleda deras uppmärksamhet till Aceh.Vapenstilleståndet blev dock kortvarigt och med Aceh kraftigt försvagat hade Johor och portugiserna varandra i sikte igen.Under Sultan Iskandar Mudas styre attackerade Aceh Johor 1613 och igen 1615. ^[54]