Med portugisiska Malackas fall 1641 och Acehs förfall på grund av holländarnas växande makt, började Johor att återupprätta sig själv som en makt längs Malackasundet under Sultan Abdul Jalil Shah III:s regeringstid (1623–1677) ).^[55] Dess inflytande sträckte sig till Pahang, Sungei Ujong, Malacca, Klang och Riau-skärgården.^[56] Under triangelkriget växte Jambi också fram som en regional ekonomisk och politisk makt på Sumatra.Inledningsvis var det ett försök till en allians mellan Johor och Jambi med ett utlovat äktenskap mellan arvtagaren Raja Muda och dotter till Pengeran från Jambi.Men Raja Muda gifte sig istället med dottern till Laksamana Abdul Jamil som, oroad över utspädningen av makten från en sådan allians, erbjöd sin egen dotter för äktenskap istället.^[57] Alliansen bröts därför samman, och sedan följde ett 13-årigt krig mellan Johor och Sumatranstaten med början 1666. Kriget var katastrofalt för Johor eftersom Johors huvudstad Batu Sawar plundrades av Jambi 1673. Sultanen flydde till Pahang och dog fyra år senare.Hans efterträdare, Sultan Ibrahim (1677–1685), tog då hjälp av Bugis i kampen för att besegra Jambi.^[56] Johor skulle så småningom segra 1679, men slutade också i en försvagad position då bugierna vägrade att åka hem, och Minangkabauerna på Sumatra började också hävda sitt inflytande.^[57]