Holländska Malacka (1641–1825) var den längsta perioden som Malacka var under utländsk kontroll.Holländarna regerade i nästan 183 år med intermittent brittisk ockupation under Napoleonkrigen (1795–1815).Denna era såg relativ fred med lite allvarliga avbrott från de malaysiska sultanaterna på grund av den överenskommelse som skapades mellan holländarna och sultanatet av Johor 1606. Denna tid markerade också nedgången av betydelsen av Malacka.Holländarna föredrog Batavia (nuvarande Jakarta) som deras ekonomiska och administrativa centrum i regionen och deras grepp i Malacka var att förhindra förlusten av staden till andra europeiska makter och, därefter, den konkurrens som skulle komma med den.Således, på 1600-talet, när Malacka upphörde att vara en viktig hamn, blev Johor-sultanatet den dominerande lokala makten i regionen på grund av öppnandet av dess hamnar och alliansen med holländarna.