Den siste sultanen från den malakanska dynastin, Sultan Mahmud Shah II, var känd för sitt oberäkneliga beteende, som i stort sett gick okontrollerat efter Bendehara Habibs död och den efterföljande utnämningen av Bendahara Abdul Jalil.Detta beteende kulminerade i att sultanen beordrade avrättningen av en adligs gravida hustru för ett mindre brott.Som vedergällning dödades sultanen av den förolämpade adelsmännen och lämnade tronen tom 1699. Orang Kayas, rådgivare till sultanen, vände sig till Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong av Muar, som föreslog att Bendahara Abdul Jalil skulle ärva tronen.Emellertid möttes successionen av visst missnöje, särskilt från Orang Laut.Under denna period av instabilitet såg två dominerande grupper i Johor – Bugis och Minangkabau – en möjlighet att utöva makt.Minangkabau introducerade Raja Kecil, en prins som påstår sig vara Sultan Mahmud II:s postume son.Med löftet om rikedom och makt, stödde Bugis initialt Raja Kecil.Men Raja Kecil förrådde dem och krönte sig själv till sultan av Johor utan deras samtycke, vilket fick den tidigare sultanen Abdul Jalil IV att fly och så småningom mördas.Som vedergällning slog Bugis sig samman med Raja Sulaiman, son till Sultan Abdul Jalil IV, vilket ledde till att Raja Kecil avsattes 1722. Medan Raja Sulaiman steg upp som Sultan blev han starkt påverkad av Bugis, som i praktiken styrde Johor.Under Sultan Sulaiman Badrul Alam Shahs regeringstid i mitten av 1700-talet utövade Bugis betydande kontroll över Johors administration.Deras inflytande växte så betydande att 1760 hade olika Bugis-familjer gift sig in i Johors kungliga släktlinje, vilket ytterligare befäste sin dominans.Under deras ledning upplevde Johor ekonomisk tillväxt, förstärkt av integrationen av kinesiska handlare.Men i slutet av 1700-talet började Engkau Muda från Temenggong-fraktionen återta makten, vilket lade grunden för sultanatets framtida välstånd under ledning av Temenggong Abdul Rahman och hans ättlingar.