När Histiaeus hörde talas om Miletos fall, verkar han ha utsett sig själv till ledare för motståndet mot Persien .Han begav sig ut från Bysans med sin styrka lesbiska och seglade till Chios.Chianerna vägrade att ta emot honom, så han attackerade och förstörde resterna av Chian-flottan.Förlamade av de två nederlagen till sjöss, accepterade Chianerna sedan Histiaeus ledarskap.Histiaeus samlade nu en stor styrka joner och eoler och gick för att belägra Thasos.Men han fick då beskedet att den persiska flottan var på väg från Miletus för att anfalla resten av Jonien, så han återvände snabbt till Lesbos.För att mata sin armé ledde han födosöksexpeditioner till fastlandet nära Atarneus och Myus.En stor persisk styrka under Harpagus befann sig i området och avlyssnade så småningom en födosöksexpedition nära Malene.Det efterföljande slaget var hårt utkämpat, men avslutades med en framgångsrik persisk kavallerianfall, som dirigerade den grekiska linjen.Histiaeus gav sig själv till perserna och trodde att han skulle kunna övertala sig själv till en benådning från Darius.Han fördes dock till Artaphernes istället, som, fullt medveten om Histiaeus tidigare förräderi, spetsade honom och skickade sedan hans balsamerade huvud till Darius.Den persiska flottan och armén övervintrade vid Miletos innan de gav sig ut 493 fvt för att slutligen utrota de sista glöden av revolten.De attackerade och erövrade öarna Chios, Lesbos och Tenedos.På var och en gjorde de ett "mänskligt nät" av trupper och svepte över hela ön för att spola ut eventuella gömda rebeller.De flyttade sedan över till fastlandet och erövrade var och en av de återstående städerna i Ionia, och sökte på liknande sätt upp eventuella kvarvarande rebeller.Även om städerna i Jonien utan tvekan harvades i efterdyningarna, verkar ingen ha drabbats av Miletos öde.Herodotus säger att perserna valde de snyggaste pojkarna från varje stad och kastrerade dem och valde ut de vackraste flickorna och skickade iväg dem till kungens harem och brände sedan städernas tempel.Även om detta möjligen är sant, överdriver Herodotos förmodligen också förödelsens omfattning. På några år hade städerna mer eller mindre återgått till det normala och de kunde utrusta en stor flotta för den andra persiska invasionen av Grekland, bara 13 år senare.Den persiska armén återerövrade sedan bosättningarna på den asiatiska sidan av Propontis, medan den persiska flottan seglade uppför den europeiska kusten av Hellesponten och tog varje bosättning i tur och ordning.Med hela Mindre Asien nu bestämt tillbaka till persiskt styre, var upproret äntligen över.