Kennedyadministrationen fortsatte att söka sätt att avsätta Castro efter invasionen av Grisbukten, och experimenterade med olika sätt att i hemlighet underlätta störtandet av den kubanska regeringen.Betydande förhoppningar sattes på programmet för terroristattacker och andra destabiliseringsoperationer som kallas Operation Mongoose, som utarbetades under Kennedyadministrationen 1961. Chrusjtjov fick reda på projektet i februari 1962 och förberedelser för att installera sovjetiska kärnvapenmissiler på Kuba vidtogs som svar.Förskräckt övervägde Kennedy olika reaktioner.Han svarade slutligen på installationen av kärnvapenmissiler på Kuba med en marin blockad, och han presenterade ett ultimatum till Sovjetunionen .Chrusjtjov backade från en konfrontation, och Sovjetunionen tog bort missilerna i utbyte mot ett offentligt amerikanskt löfte att inte invadera Kuba igen samt en hemlig överenskommelse om att avlägsna amerikanska missiler från Turkiet.Castro erkände senare att "jag skulle ha gått med på användningen av kärnvapen... vi tog det för givet att det ändå skulle bli ett kärnvapenkrig, och att vi skulle försvinna."Kubakrisen (oktober–november 1962) förde världen närmare kärnvapenkrig än någonsin tidigare.Efterdyningarna av krisen ledde till de första ansträngningarna i kärnvapenkapprustningen mot kärnvapennedrustning och förbättrade relationer, även om det kalla krigets första vapenkontrollavtal, Antarktisfördraget, hade trätt i kraft 1961.1964 lyckades Chrusjtjovs Kreml-kollegor avsätta honom, men tillät honom en fredlig pension.Anklagad för elakhet och inkompetens, hävdar John Lewis Gaddis att Chrusjtjov också krediterades för att ha förstört det sovjetiska jordbruket, vilket förde världen till randen av kärnvapenkrig och att Chrusjtjov hade blivit en "internationell pinsamhet" när han godkände byggandet av Berlinmuren.