Дејвид Маршал је постао први главни министар Сингапура, предводећи нестабилну владу која се суочила са социјалним немирима, о чему говоре догађаји попут нереда у аутобусу Хока Лија.Године 1956. водио је преговоре у Лондону за пуну самоуправу, али су преговори пропали због британске бриге за безбедност, што је довело до његове оставке.Његов наследник, Лим Ју Хок, заузео је оштар став против комунистичких и левичарских група, отварајући пут Британцима да Сингапуру дају пуну унутрашњу самоуправу 1958.На изборима 1959. године, Партија народне акције (ПАП), коју је предводио Ли Куан Ју, је изашла као победник, а Ли је постао први премијер Сингапура.Његова влада се суочила са почетним скептицизмом због прокомунистичке фракције странке, што је довело до пресељења предузећа у Куала Лумпур.Међутим, под Лијевим вођством, Сингапур је доживео економски раст, образовне реформе и агресиван програм јавног становања.Влада је такође предузела мере за сузбијање радничких немира и промовисање енглеског језика.Упркос овим достигнућима, лидери ПАП-а веровали су да будућност Сингапура лежи у спајању са Малајом .Идеја је била пуна изазова, посебно противљења прокомуниста унутар ПАП-а и забринутости Малајске Националне организације Уједињених Малаја око равнотеже расне моћи.Међутим, могућност комунистичког преузимања власти у Сингапуру променила је осећања у корист спајања.Године 1961, премијер Малаје, Тунку Абдул Рахман, предложио је федерацију Малезије, која би укључивала Малају, Сингапур, Брунеј, Северни Борнео и Саравак.Референдум који је уследио у Сингапуру 1962. показао је снажну подршку спајању под одређеним условима аутономије.