Године 1947. Пакистан се појавио као нова нација са Лиакватом Али Каном као првим премијером и Мухамедом Али Џином као генералним гувернером и председником парламента.Јиннах, одбацивши понуду лорда Моунтбатена да буде генерални гувернер и Индије и Пакистана, водио је земљу до своје смрти 1948. Под његовим вођством, Пакистан је предузео кораке ка томе да постане исламска држава, посебно увођењем Резолуције о циљевима од стране премијера Кан 1949. истичући Алахов суверенитет.Резолуција о циљевима је прогласила да суверенитет над читавим универзумом припада Узвишеном Аллаху.^[5]У првим годинама Пакистана је такође забележена значајна миграција из Индије, посебно у Карачи, ^[6] прву престоницу.Да би ојачао финансијску инфраструктуру Пакистана, његов секретар за финансије Виктор Тарнер спровео је прву монетарну политику земље.Ово је укључивало успостављање кључних институција као што су Државна банка, Федерални завод за статистику и Федерални одбор прихода, са циљем да се унапреде способности нације у финансијама, опорезивању и прикупљању прихода.^[7] Међутим, Пакистан је наишао на значајне проблеме са Индијом.У априлу 1948. Индија је прекинула водоснабдевање Пакистана са два главна канала у Пенџабу, што је погоршало тензије између две земље.Поред тога, Индија је првобитно ускратила Пакистански удео у имовини и фондовима од Уједињене Индије.Ова имовина је на крају ослобођена под притиском Махатме Гандија.^[8] Територијални проблеми су настали са суседним Авганистаном око границе између Пакистана и Авганистана 1949. и са Индијом око контролне линије у Кашмиру.^[9]Земља је такође тражила међународно признање, при чему је Иран био први који га је признао, али се суочила са првобитним оклевањем Совјетског Савеза и Израела .Пакистан је активно тежио лидерству у муслиманском свету, са циљем да уједини муслиманске земље.Ова амбиција се, међутим, суочила са скептицизмом на међународном нивоу и међу неким арапским нацијама.Пакистан је такође подржавао различите покрете за независност у муслиманском свету.На домаћем плану, језичка политика је постала спорно питање, а Јиннах је прогласио урду државним језиком, што је довело до тензија у Источном Бенгалу.Након Јинахове смрти 1948. године, Сир Кхаваја Назимуддин је постао генерални гувернер, настављајући напоре за изградњу нације у годинама формирања Пакистана.