
Após prolongada luta, os evangélicos ganharam o controle da Assembleia Geral em 1834 e aprovaram a Lei de Veto, permitindo que as congregações rejeitassem apresentações "intrusivas" de patronos. Isto levou ao "Conflito de Dez Anos" de batalhas jurídicas e políticas, culminando na decisão dos tribunais civis contra os não-intrusionistas. A derrota resultou na Grande Ruptura de 1843, onde cerca de um terço do clero, principalmente do Norte e das Terras Altas, separou-se da Igreja da Escócia para formar a Igreja Livre da Escócia, liderada pelo Dr.
Chalmers enfatizou uma visão social que buscava reviver e preservar as tradições comunais da Escócia em meio à tensão social. Sua visão idealizada de comunidades pequenas, igualitárias e baseadas em Kirk, que valorizavam a individualidade e a cooperação, influenciou significativamente tanto o grupo dissidente quanto as principais igrejas presbiterianas. Na década de 1870, estas ideias foram assimiladas pela Igreja estabelecida da Escócia, demonstrando a preocupação da Igreja com as questões sociais decorrentes da industrialização e da urbanização.
No final do século XIX, os calvinistas fundamentalistas e os liberais teológicos, que rejeitavam uma interpretação literal da Bíblia, debateram ferozmente. Isso resultou em outra divisão na Igreja Livre, com calvinistas rígidos formando a Igreja Presbiteriana Livre em 1893. Por outro lado, houve movimentos em direção à reunião, começando com a unificação das igrejas separatistas na Igreja da Secessão Unida em 1820, que mais tarde se fundiu com a Igreja do Alívio. Igreja em 1847 para formar a Igreja Presbiteriana Unida. Em 1900, esta igreja uniu-se à Igreja Livre para formar a Igreja Livre Unida da Escócia. A remoção da legislação sobre o patrocínio leigo permitiu que a maioria da Igreja Livre voltasse a aderir à Igreja da Escócia em 1929. No entanto, algumas denominações menores, incluindo os Presbiterianos Livres e um remanescente da Igreja Livre que não se fundiu em 1900, persistiram.
A Emancipação Católica em 1829 e a chegada de muitos imigrantes irlandeses, especialmente após a fome do final da década de 1840, transformaram o catolicismo na Escócia, especialmente em centros urbanos como Glasgow. Em 1878, apesar da oposição, uma hierarquia eclesiástica católica romana foi restaurada, tornando o catolicismo uma denominação significativa. O episcopalismo também reviveu no século XIX, estabelecendo-se como Igreja Episcopal na Escócia em 1804, uma organização autônoma em comunhão com a Igreja da Inglaterra.
As igrejas batistas, congregacionalistas e metodistas, que surgiram na Escócia no século XVIII, tiveram um crescimento significativo no século XIX, em parte devido às tradições radicais e evangélicas existentes dentro da Igreja da Escócia e das igrejas livres. O Exército de Salvação juntou-se a estas denominações em 1879, com o objetivo de fazer incursões substanciais nos centros urbanos em crescimento.