O ano de nascimento de Temüjin é contestado, pois os historiadores favorecem datas diferentes: 1155, 1162 ou 1167. Algumas tradições situam seu nascimento no Ano do Porco, que foi 1155 ou 1167. Embora a datação de 1155 seja apoiada pelos escritos de tanto Zhao Hong quanto Rashid al-Din, outras fontes importantes, como a História de Yuan e o Shengwu, favorecem o ano de 1162. A datação de 1167, favorecida por Paul Pelliot, é derivada de uma fonte menor - um texto do artista Yuan Yang Weizhen —, mas é mais compatível com os acontecimentos da vida de Genghis Khan do que uma colocação em 1155, o que implica que ele só teve filhos depois dos trinta anos de idade e continuou a fazer campanha activamente até à sétima década. 1162 continua sendo a data mais aceita; o historiador Paul Ratchnevsky observa que o próprio Temüjin pode não saber a verdade. O local do nascimento de Temüjin é debatido de forma semelhante: a História Secreta registra seu local de nascimento como Delüün Boldog no rio Onon, mas foi localizado em Dadal, na província de Khentii, ou no sul de Agin-Buryat Okrug, na Rússia.
Temüjin nasceu no clã Borjigin da tribo mongol, filho de Yesügei, um chefe que afirmava ser descendente do lendário senhor da guerra Bodonchar Munkhag, e de sua esposa principal, Hö'elün, originalmente do clã Olkhonud, que Yesügei havia sequestrado de seu noivo Merkit, Chiledu. A origem do seu nome de nascimento é contestada: as primeiras tradições afirmam que o seu pai tinha acabado de regressar de uma campanha bem sucedida contra os tártaros com um prisioneiro chamado Temüchin-uge, em homenagem a quem deu o nome ao recém-nascido em celebração da sua vitória, enquanto as tradições posteriores destaque a raiz temür (que significa 'ferro') e conecte-se às teorias de que "Temüjin" significa 'ferreiro'. Yesügei e Hö'elün tiveram três filhos mais novos depois de Temüjin: Qasar, Hachiun e Temüge, bem como uma filha, Temülen. Temüjin também tinha dois meio-irmãos, Behter e Belgutei, da segunda esposa de Yesügei, Sochigel, cuja identidade é incerta. Os irmãos cresceram no acampamento principal de Yesugei, às margens do Onon, onde aprenderam a andar a cavalo e a atirar com arco.
Quando Temüjin tinha oito anos, Yesügei decidiu desposá-lo com uma garota adequada. Ele levou seu herdeiro para as pastagens da prestigiosa tribo Onggirat de Hö'elün, que havia se casado com os mongóis em muitas ocasiões anteriores. Lá, ele arranjou um noivado entre Temüjin e Börte, filha de um chefe Onggirat chamado Dei Sechen. Como o noivado significava que Yesügei ganharia um aliado poderoso, e como Börte exigia um alto preço pela noiva, Dei Sechen manteve uma posição de negociação mais forte e exigiu que Temüjin permanecesse em sua casa para saldar sua dívida futura. Aceitando esta condição, Yesügei solicitou uma refeição a um bando de tártaros que encontrou enquanto voltava sozinho para casa, confiando na tradição das estepes de hospitalidade para com estranhos. No entanto, os tártaros reconheceram o seu antigo inimigo e colocaram veneno na sua comida. Yesügei adoeceu gradualmente, mas conseguiu voltar para casa; perto da morte, ele solicitou a um retentor de confiança chamado Münglig para resgatar Temüjin do Onggirat. Ele morreu logo depois.
Aos oito anos, Temüjin foi prometido por seu pai, Yesügei, a Börte, filha do chefe Onggirat Dei Sechen, para garantir uma aliança por meio do casamento. Esta união exigiu que Temüjin ficasse com os Onggirats, cumprindo obrigações para com a família de sua futura noiva. Em sua viagem de volta, Yesügei, envenenado pelos tártaros que encontrou, mal conseguiu chegar em casa antes de sucumbir ao veneno. Antes de morrer, ele providenciou a recuperação de Temüjin dos Onggirats por meio de um servidor leal, Münglig.