Ivan Ivanovichs forhold til faren begynte å forverres i løpet av de senere stadiene av Livonian-krigen.Ivan var sint på faren for sine militære fiaskoer, og krevde å få kommandoen over noen tropper for å frigjøre den beleirede Pskov.Forholdet deres ble ytterligere forverret da tsaren den 15. november 1581, etter å ha sett sin gravide svigerdatter iført ukonvensjonelt lette klær, angrep henne fysisk.I et anfall av sinne myrdet Ivan sin eldste sønn og arving, Ivan Ivanovich, og sistnevntes ufødte barn, som etterlot hans yngre sønn, den politisk ineffektive Feodor Ivanovich, til å arve tronen, en mann hvis styre direkte førte til slutten av Rurikid-dynastiet og begynnelsen av Troubles Time.