Ved den barnløse Feodors død 7. januar 1598, samt det ryktede attentatet på Feodors mye yngre bror Dimitry, førte Boris til makten.Valget hans ble foreslått av patriark Job i Moskva, som mente at Boris var den ene mannen som var i stand til å takle situasjonens vanskeligheter.Boris ville imidlertid bare akseptere tronen fra Zemsky Sobor (nasjonalforsamlingen), som møttes 17. februar og enstemmig valgte ham 21. februar.1. september ble han høytidelig kronet som tsar.Han erkjente behovet for Russland for å ta igjen den intellektuelle fremgangen i Vesten og gjorde sitt beste for å få til utdannings- og sosiale reformer.Han var den første tsaren som importerte utenlandske lærere i stor skala, den første som sendte unge russere til utlandet for å bli utdannet, og den første som lot lutherske kirker bygges i Russland.