Ved riksdagen i mars 1467 ble to tradisjonelle skatter omdøpt;kammerets fortjeneste ble deretter innkrevd som skatt av kongekassen og den trettiende som kronens toll.På grunn av denne endringen ble alle tidligere skattefritak ugyldige, noe som økte statens inntekter.Matthias begynte å sentralisere administrasjonen av kongelige inntekter.Han overlot administrasjonen av kronens skikker til John Ernuszt, en omvendt jødisk kjøpmann.I løpet av to år var Ernuszt ansvarlig for innkrevingen av alle ordinære og ekstraordinære skatter, og forvaltningen av saltgruvene.Matthias' skattereform forårsaket et opprør i Transylvania.Representantene for de "tre nasjonene" i provinsen – adelsmennene, sakserne og Székelys – dannet en allianse mot kongen i Kolozsmonostor (nå Mănăștur-distriktet i Cluj-Napoca, Romania) 18. august, og uttalte at de var villige til å kjempe for Ungarns frihet.Matthias samlet troppene sine umiddelbart og skyndte seg til provinsen.Opprørerne overga seg uten motstand, men Matthias straffet sine ledere hardt, hvorav mange ble spiddet, halshugget eller nådeløst torturert etter hans ordre.I mistanke om at Stefanus den store hadde støttet opprøret, invaderte Matthias Moldavia.Men Stephens styrker dirigerte Matthias i slaget ved Baia 15. desember 1467. Matthias fikk alvorlige skader, og tvang ham til å returnere til Ungarn.